Odliczenie częściowe podatku VAT zostało określone w art. 90 ustawy o podatku od towarów i usług. Ust. 1 tego przepisu mówi, że „ W stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.”

Zgodnie natomiast z ust. 2 cytowanego przepisu „Jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, o których mowa w ust. 1, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego (…).”

Zatem podatnik, który świadczy zarówno czynności opodatkowane jak i zwolnione – musi dokonać rozbicia zakupów na te związane ze świadczeniem czynności opodatkowanych i te związane ze świadczeniem czynności zwolnionych. Podatek naliczony wynikający z dokumentów zakupowych towarów i usług związanych ze świadczeniem czynności opodatkowanych podlega odliczeniu. Natomiast nie można odliczyć podatku naliczonego wynikającego z dokumentów zakupowych towarów i usług związanych ze świadczeniem czynności zwolnionych z VAT. Jeżeli natomiast podatnik nie może jednoznacznie określić, które zakupy dotyczyły wyłącznie czynności opodatkowanych a które wyłącznie czynności zwolnionych – musi zastosować przy odliczaniu podatku naliczonego od takich zakupów specjalną proporcję.

Sposób jej ustalenia został określony w art. 90 ust. 3 ustawy o VAT. Jest ona udziałem „rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo.” Proporcję taką ustala się na podstawie obrotu z roku poprzedzającego rok podatkowy, w którym będzie ona stosowana. Zaokrągla się ją w górę do pełnej liczy całkowitej. Jeżeli wskaźnik proporcji przekroczy 98 proc. – podatnik ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o całą kwotę podatku naliczonego wynikającego z faktur zakupowych towarów i usług związanych zarówno z czynnościami opodatkowanymi jak i zwolnionymi. Jeżeli natomiast wskaźnik ten nie przekroczy 2 proc. – podatnik nie ma prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwoty podatku naliczonego, o którym była mowa w poprzednim zdaniu.

Do obliczania powyższej proporcji nie bierze się jednak wszystkich sprzedanych towarów i usług. Wyjątkiem są m.in. środki trwałe, co zostało zapisane w art. 90 ust. 5. Zgodnie z jego brzmieniem, przy obliczaniu struktury sprzedaży na zasadach wyżej określonych nie ujmuje się zarówno w liczniku jak i w mianowniku sprzedaży, której przedmiotem są środki trwałe używane przez podatnika na potrzeby jego działalności, bez względu na to, czy ich sprzedaż jest opodatkowana czy zwolniona z podatku VAT. Zatem nie wpływają one na wysokość ustalonej proporcji. Sprzedaż zwolniona środków trwałych ma miejsce np. w sytuacji gdy są to środki trwałe używane oraz podatnik nie miał prawa do odliczenia podatku naliczonego przy ich zakupie (sytuacja taka ma miejsce m.in. gdy podatnik korzystał ze zwolnienia z podatku VAT, zakupił np. samochód, użytkował go ponad pół roku i w międzyczasie stał się podatnikiem VAT, po czym postanowił samochód taki sprzedać).