Czynności opodatkowane podatkiem PCC zostały określone w art. 1 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych. Natomiast to, co nie podlega opodatkowaniu podatkiem PCC zostało skatalogowane w art. 2 tejże ustawy. W ust. 4 tego artykułu została zostały zawarte przepisy odnośnie zwolnienia, jeżeli jedną ze stron czynności jest podatnik VAT. Warto podkreślić, iż przepis ten uległ zmianie od dnia 01 stycznia 2007 r., a brzmi on następująco: nie podlegają podatkowi od czynności cywilnoprawnych

Stan prawny obowiązujący do końca 2006 r.

czynności cywilnoprawne, jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności jest opodatkowana podatkiem od towarów i usług lub jest z niego zwolniona, z wyjątkiem umów sprzedaży i zamiany zwolnionych z podatku od towarów i usług, których przedmiotem są nieruchomości lub ich części albo prawo użytkowania wieczystego

Stan prawny obowiązujący od początku 2007 r.

czynności cywilnoprawne, jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności jest:

1. opodatkowana podatkiem od towarów i usług,
2. zwolniona z podatku od towarów i usług, z wyjątkiem:
   • umów sprzedaży i zamiany których przedmiotem jest nieruchomość lub jej część, albo prawo użytkowania wieczystego, spółdzielcze własnościowe prawo do lokalu, prawo do domu jednorodzinnego w spółdzielni mieszkaniowej lub prawo do miejsca postojowego w garażu wielostanowiskowym lub udział w tych prawach,
   • umowy spółki i jej zmiany,
   • umowy sprzedaży udziałów i akcji w spółkach handlowych

Analizując powyższy przepis należy wyciągnąć wnioski, iż jeżeli przynajmniej jedna ze stron czynności cywilnoprawnej jest podatnikiem VAT czynnym lub zwolnionym, to nie podlega ona opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych z wyżej podanymi wyjątkami.

W celu jednak pełniejszej analizy tego przepisu należy sięgnąć do ustawy o podatku od towarów i usług. Pamiętać bowiem trzeba, iż niektóre czynności podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług lecz korzystają ze zwolnienia, inne natomiast zostały wyłączone z opodatkowania tym podatkiem. Czynności, które podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT zostały zawarte w art. 5 ustawy. Nas jednak w tym przypadku interesują wyłączenia z opodatkowania podatkiem VAT. Zostały one zawarte w art. 6 tejże ustawy. Mówi on m.in. iż przepisów ustawy nie stosuje się do transakcji zbycia przedsiębiorstwa lub zakładu (oddziału) samodzielnie sporządzającego bilans.

Jeżeli więc mamy do czynienia z powyższą czynnością – podlegać ona będzie opodatkowaniu podatkiem PCC, gdyż została wyłączona z ustawy o podatku VAT (przepisy o VAT nie mają do niej zastosowania). Dodatkowo opodatkowane tym podatkiem będą zawsze także czynności wymienione w art. 2 ust. 4 ustawy o PCC, a wskazane wyżej.

Pozostałe czynności, jeżeli przynajmniej jedna ze stron będzie podatnikiem podatku od towarów i usług czynnym lub zwolnionym – nie będą podlegały opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych.