W ciągu 60 dni podatnik może otrzymać zwrotu podatku VAT w wysokości nieprzekraczającej podatku naliczonego wynikającego z nabytych środków trwałych oraz 22-proc. wartości netto sprzedaży opodatkowanej stawkami niższymi niż podstawowa (w tym także stawką 0 proc.). To podstawowy termin zwrotu podatku VAT. Nadwyżka ponad tę kwotę może być zwrócona podatnikowi w terminie 3 razy dłuższym, a więc 180 dni. Terminy te mogą zostać skrócone odpowiednio do 25 i 60 dni. W tym celu jednak podatnik wraz z deklaracją musi złożyć wniosek o skrócenie terminu zwrotu oraz zwrot ten musi wynikać z:

• faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone bezpośrednio podatnikowi będącemu wystawcą faktury, z uwzględnieniem art. 22 ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (Dz.U. Nr 173, poz. 1807 i Nr 281, poz. 2777 oraz z 2005 r. Nr 33, poz. 289),
• dokumentów celnych oraz decyzji wydanych przez urzędy celne, które zostały przez podatnika zapłacone,
• wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów lub importu usług lub dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, jeżeli w deklaracji podatkowej została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji

Powyższe warunki są dla wielu przedsiębiorców niemożliwe dla spełnienia, w związku z czym mogą uzyskać zwrot podatku tylko w podstawowych terminach.

Przedsiębiorcy mogą jednak skorzystać z instytucji zaliczenia nadpłaty podatku na poczet przyszłych zaległości podatkowych. Nadpłata w jednym podatku może być bowiem wykorzystana do zapłacenia zobowiązania w innym. Art. 76 § 1 Ordynacji podatkowej wskazuje, że nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.

Pamiętać jednak należy, iż sama nadwyżka podatku naliczonego nad należnym nie jest nadpłatą podatku. Musi ona zostać wykazana w deklaracji podatkowej jak podatek do zwrotu. Aby została zaliczona na poczet innych zobowiązań podatkowych, podatnik wraz z taką deklaracją musi także (co wynika z przepisów ordynacji podatkowej) złożyć stosowne pismo, w którym wskazuje, aby wykazana kwota do zwrotu w całości lub w części została wykorzystana na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.

Powyższe rozwiązanie z pewnością umożliwi wielu podatnikom uniknięcia utraty płynności finansowej. Wykorzystanie nadpłaty w podatku VAT w celu opłacania innych zobowiązań podatkowych pozwala im bowiem dysponować środkami finansowymi, które musieliby przeznaczyć na uregulowanie tych zobowiązań. Płacą natomiast pieniędzmi, którymi de facto w innym celu dysponować będą dopiero za jakiś czas.