Art. 29 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług wskazuje, iż podstawą opodatkowania (z pewnymi wyjątkami) jest obrót. Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Obrót zwiększa się o otrzymane dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze mające bezpośredni wpływ na cenę (kwotę należną) towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika, pomniejszone o kwotę należnego podatku.

Aby rozpatrzyć naszą sytuację trzeba jednak przytoczyć jeszcze przepisy art. 19 ustawy o podatku VAT. Art. 19 ust. 1 wskazuje mianowicie, że obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wydania towaru lub wykonania usługi (z pewnymi wyjątkami). Art. 19 ust. 21 mówi natomiast, iż obowiązek podatkowy z tytułu należnych na podstawie odrębnych przepisów dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika. W przypadku uznania rachunku bankowego podatnika zaliczką z tytułu dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze obowiązek podatkowy powstaje w tej części.

Analizując powyższe dochodzimy do wniosku, iż wartość sprzedaży powiększa się o otrzymane dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze, które mają bezpośredni wpływ na cenę sprzedawanych towarów i usług. Refundacja z NFZ zalicza się do katalogu wyżej wymienionych. Art. 29 wskazuje także, iż wartość otrzymanych dotacji, subwencji czy innych dopłat są wartościami brutto, a co za tym idzie – zawierają w sobie podatek VAT. Rozliczając zatem otrzymaną refundację należy kwotę tę rozbić na wartość netto i podatek VAT stosując metodę „w stu”.

Rozliczenie sprzedaży leków refundowanych odbywa się przeważnie dwuetapowo (zgodnie z art. 19 ustawy o VAT). Otrzymanie refundacji odbywa się bowiem przeważnie w innym (późniejszym) okresie rozliczeniowym niż sama sprzedaż towaru. Jeżeli zatem apteka sprzeda lek refundowany, to w miesiącu sprzedaży wykazuje jedynie wartość netto oraz należny podatek VAT od tej części, która nie była refundowana. Z kolei wartość refundowaną leku należy wykazać (zgodnie z art. 19 ust. 21 ustawy o VAT) w okresie rozliczeniowym, w którym refundacja została aptece przekazana.

Przedstawmy to na przykładzie.

Apteka w maju 2007 r. sprzedała lek o wartości brutto 122 zł (stawka podatku VAT 22 proc.). Lek ten jest refundowany przez NFZ w wartości 61 zł brutto, zatem klient zapłacił za niego 61 zł. Apteka otrzymała refundację w czerwcu 2007 r. Rozliczenie podatkowe w zakresie VAT powyższej sprzedaży będzie wyglądać następująco:

Maj 2007 r.
Wartość brutto sprzedaży: 61 zł
Wartość podatku: (61 zł x 22) / 122 = 11 zł
Wartość netto: 61 zł – 11 zł = 50 zł
Zatem w deklaracji podatkowej apteka wykaże wartość sprzedaży netto 50 zł, podatek VAT 11 zł.

Czerwiec 2007 r.
Wartość brutto otrzymanej refundacji: 61 zł
Wartość podatku: (61 zł x 22) / 122 = 11 zł
Wartość netto: 61 zł – 11 zł = 50 zł
Zatem w deklaracji podatkowej apteka wykaże wartość netto sprzedaży (otrzymanej refundacji) w wysokości 50 zł, podatek VAT 11 zł.