Rząd nie popiera poselskiego projektu nowelizacji ustawy. Zwraca też uwagę, że większość zmian zaproponowanych przez posłów już weszła życie na podstawie nowelizacji ustawy o podatku od osób fizycznych z 16 listopada 2006 r.

Jedna z ważniejszych propozycji poselskich zakłada, że ulga w podatku na pierwsze dziecko wyniesie 50 zł, na drugie – 200 zł i 100 zł na każde następne. Zdaniem rządu, to rozwiązanie jest mniej korzystne od obowiązującego, bo obecnie ulga na każde dziecko wynosi 120 zł. Jednocześnie rząd przygotował projekt nowelizacji Kodeksu pracy, w którym zaproponował, aby na każde dziecko można było odliczać do 572 zł.

Posłowie zaproponowali także, aby płatnik - pracodawca pobierał zaliczkę stosując dwie stawki podatkowe: 19 i 30 proc. Zatem w przypadku dochodów mieszczących się w trzecim przedziale skali należałoby stosować 30 proc. stawkę, zamiast obowiązującej 40 proc. Dla takiego podatnika oznaczałoby to dokonywanie dopłaty do podatku, co należy uznać za niekorzystne dla niego.

Obecnie podatnik w zeznaniu podatkowym może wskazać tylko jedną organizację pożytku publicznego, na której konto można przekazać 1 proc. swojego podatku. Posłowie chcieliby, aby podatnik miał prawo do wskazania trzech takich organizacji. W opinii rządu skomplikuje to pracę urzędów skarbowych, które będą się zajmować przekazywaniem tych środków.

Rząd podkreśla też, że posłowie niezbyt precyzyjnie przedstawili wpływ proponowanych rozwiązań na sektor finansów publicznych, a przede wszystkim na dochody samorządu terytorialnego.