Art. 86 ust. 1 ustawy o VAT wskazuje, że w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

W art. 87 ust. 1 natomiast ustawodawca wskazał, że w przypadku gdy kwota podatku naliczonego, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.

Terminy zwrotu podatku zostały również wskazane w art. 87 cytowanej ustawy. Wynoszą one 25 dni, 60 dni, i 180 dni licząc od dnia złożenia deklaracji podatkowej.
W terminie 60 dni może zostać zwrócona podatnikowi nadwyżka podatku naliczonego nad należnym w wysokości podatku naliczonego związanego z nabyciem towarów i usług zaliczanych u podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji oraz gruntów i praw wieczystego użytkowania gruntów, jeżeli zostały zaliczone do środków trwałych nabywcy, powiększonej o 22 proc. obrotu podatnika opodatkowanego stawkami niższymi niż podstawowa (a więc 0 proc. 3 proc. i 7 proc.) oraz z tytułu dostaw towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, jeżeli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby podatnik świadczył ja na terytorium kraju.

Nadwyżka podatku ponad tak obliczony limit może zostać zwrócona w terminie 180 dni. Oczywiście powyższe terminy mogą ulec skróceniu: z 60 dni do 25 dni i ze 180 dni do 60 dni. Zostają one skrócone na umotywowany wniosek podatnika złożony wraz z deklaracją podatkową. Skrócone terminy będą miały zastosowanie jednak tylko wtedy, gdy kwoty wykazane w deklaracji podatkowej wynikają z:

• faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone bezpośrednio podatnikowi będącemu wystawcą faktury
• dokumentów celnych oraz decyzji określających podatek w prawidłowej wysokości zapłaconych przez podatnika
• wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów lub importu usług lub dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, jeżeli w deklaracji podatkowej została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji

Urząd skarbowy w uzasadnionych przypadkach może oczywiście wydłużyć termin zwrotu podatku.

Dodać także należy, iż zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, zwrot następuje w wyżej określonych terminach liczonych od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika. Jeżeli zatem podatnik złoży deklarację za maj w dniu 20 czerwca – od tego dnia zaczyna biec termin zwrotu.

Należy przy tym zauważyć, że ustawodawca posłużył się tutaj określeniem „złożenia rozliczenia” przez podatnika. Jest nim oczywiście deklaracja w zakresie podatku VAT. W sytuacji, gdy podatnik złoży korektę deklaracji – zastępuje ona deklarację pierwotną i pozbawia ją mocy prawnej. Tym samym z chwilą złożenia w urzędzie skarbowym, korekta deklaracji staje się takim rozliczeniem. W związku z powyższym termin zwrotu podatku za dany miesiąc liczy się na nowo od złożonej korekty deklaracji, która z chwilą jej złożenia stała się rozliczeniem. Jeżeli więc np. podatnik w dniu 20 czerwca złożył w urzędzie deklarację podatkową w zakresie podatku VAT, która zawierała zwrot tego podatku w terminie 60 dni, po czym w np. w dniu 15 lipca złożył korektę tej deklaracji, w której również wykazał kwotę podatku do zwrotu w terminie 60 dni – bieg terminu będzie liczony od daty złożenia korekty deklaracji (oczywiście pod warunkiem, że podatek do tego czasu nie został zwrócony). Urząd skarbowy musi mieć bowiem czas na sprawdzenie zasadności zwrotu podatku.