Generalna zasada zawarta w przepisach ustawy o VAT wskazuje, że obowiązek podatkowy w tym podatku powstaje z chwilą wydania towaru lub wykonania usługi, a jeżeli czynność taka powinna być potwierdzona fakturą VAT – obowiązek ten powstaje z chwilą wystawienia faktury, nie później jednak niż siódmego dnia od dnia wykonania danej czynności.

W art. 19 ust. 13 pkt 2 lit. d ustawy o podatku od towarów i usług wskazano jednak, że obowiązek podatkowy powstaje z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty, nie później jednak niż 30. dnia, licząc od dnia wykonania usług budowlanych lub budowlano-montażowych.

Jak wynika zatem z powyższego – w przypadku tego rodzaju usług podstawowe znaczenia ma nie moment wykonania usługi lub wystawienia faktury, a moment dokonania zapłaty za świadczone usługi. Wskazane zostało także ograniczenie, iż moment uregulowania zapłaty pozostaje bez znaczenia, jeżeli nastąpi ona w terminie późniejszym niż 30-sty dzień wykonaniu tychże usług. W sytuacji takiej bowiem obowiązek podatkowy powstaje w tym dniu.

Natomiast uregulowanie prawne w przypadku wpłacanych zaliczek na poczet wykonywanych usług budowlanych znalazło się w art. 19 ust. 15 ustawy o VAT. Przepis ten wskazuje, że w przypadkach wyżej określonych otrzymanie części zapłaty (ceny) lub części wkładu budowlanego i mieszkaniowego powoduje powstanie obowiązku podatkowego w tej części.

Z powyższego należy zatem wywnioskować, iż wpłacenie dowolnej zaliczki przez nabywcę na poczet wykonywanych usług budowlanych powoduje powstanie obowiązku podatkowego w wysokości wpłaconej zaliczki. Sposób wystawiania faktur VAT w takim przypadku został zawarty w § 15 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 25 maja 2005 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług. W przepisie tym ustawodawca wskazał, że m.in. w przypadku świadczonych usług budowlano-montażowych, fakturę wystawia się nie później niż z chwilą powstania obowiązku podatkowego.

Stwierdzić zatem należy, iż w przypadku otrzymania zaliczki na poczet wykonywanych usług budowlanych, obowiązek z tego tytułu powstaje w dniu otrzymania zaliczki i w tym samym dniu wykonawca powinien wystawić fakturę VAT.

Wpłacona zaliczka jest wartością brutto. Oznacza to, iż przy wystawianiu faktury podatnik powinien dokonać rozbicia otrzymanej należności na wartość netto oraz podatek VAT stosując metodę „w stu”.

Jeżeli całość należności została wpłacona w postaci zaliczek – po wykonaniu usługi podatnik nie musi wystawiać faktury końcowej. Jeżeli jednak zaliczki nie pokryły całej należności, podatnik jest zobowiązany do wystawienia takiej faktury na zasadach określonych wyżej (w stosunku do nieuregulowanej części należności), przy czym faktura ta powinna zawierać także numery faktur zaliczkowych.