Warto więc wiedzieć, że podczas kontroli najwięcej uwagi fiskus poświęca dokumentacji. Prowadzona działalność gospodarcza musi być poprawnie ewidencjonowana. Niezbędne jest również posiadanie dokumentów, na podstawie których ewidencja jest prowadzona.

Małe firmy najczęściej ewidencjonują prowadzoną działalność przy pomocy podatkowej księgi przychodów i rozchodów. Dla kontrolujących ważne jest nie tylko poprawne jej wypełnienie, ale i prawidłowość dokumentów, które stanowią podstawę prowadzenia księgi.

Sposób prowadzenia księgi określa rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 26 sierpnia 2003 r. w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów (dalej rozporządzenie). W świetle wytycznych rozporządzenia, podatnik musi zadbać, aby księga prowadzona była w sposób rzetelny i niewadliwy (§ 11 ust. 1 rozporządzenia). Za niewadliwą uważana jest księga prowadzoną zgodnie z przepisami rozporządzenia i objaśnieniami do wzoru księgi. O rzetelnym prowadzeniu księgi można mówić, jeżeli dokonywane w niej zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty ((§ 11 ust. 2, 3 rozporządzenia).

Przepisy stanowią jednak, że dopuszczalne są pewne uchybienia, które nie przesądzają o nierzetelności księgi podatkowej, Księga jest uznawana za prowadzoną w sposób rzetelny również, gdy (§ 11 ust. 4 rozporządzenia):

1. niewpisane lub błędnie wpisane kwoty przychodu nie przekraczają łącznie 0,5 % przychodu wykazanego w księdze za dany rok podatkowy lub przychodu wykazanego w roku podatkowym do dnia, w którym naczelnik urzędu skarbowego lub organ kontroli skarbowej stwierdził te błędy, lub
2. brak właściwych zapisów jest związany z nieszczęśliwym wypadkiem lub zdarzeniem losowym, które uniemożliwiło podatnikowi prowadzenie księgi, lub
3. błędy spowodowały podwyższenie kwoty podstawy opodatkowania, z wyjątkiem błędów polegających na niewykazaniu lub zaniżeniu kosztów zakupu materiałów podstawowych, towarów handlowych oraz kosztów robocizny, lub
4. podatnik uzupełnił zapisy lub dokonał korekty błędnych zapisów w księdze przed rozpoczęciem kontroli przez naczelnika urzędu skarbowego lub przez organ kontroli skarbowej, lub
5. błędne zapisy są skutkiem oczywistej omyłki, a podatnik posiada dowody księgowe odpowiadające warunkom ustawowym

Przedsiębiorcy zobligowani są do wprowadzania zapisów w sposób staranny, czytelny i trwały, na podstawie prawidłowych i rzetelnych dowodów. Dopuszczalne są zapisy jedynie w języku i walucie polskiej (§ 12 ust. 1 rozporządzenia).

Jednoznacznie określone jest również nanoszenie poprawek, gdy stwierdzona zostanie nieprawidłowość zapisów w księdze. Można to zrobić skreślając dotychczasową treść i wpisując nową, z zachowaniem czytelności błędnego zapisu, konieczne jest podpisanie poprawki i umieszczenie daty jej dokonania lub poprzez wprowadzenie do księgi niewpisanych dowodów lub dowodów zawierających korekty błędnych zapisów. Zapisy zmniejszające przychody lub koszty mogą być dokonywane ze znakiem minus (-) lub kolorem czerwonym (§ 12 ust. 2 rozporządzenia).