Zgodnie z art. 19 ust. 13 pkt 2 lit. d) ustawy o podatku od towarów i usług, obowiązek podatkowy powstaje, w przypadku usług budowlanych lub budowlano-montażowych, z chwilą otrzymana całości lub części zapłaty, nie później jednak niż 30-tego dnia licząc od dnia wykonania takich usług. W przypadku otrzymania części zapłaty (ceny), obowiązek podatkowy powstaje w tej części (art. 19 ust. 15 ustawy o VAT).

Zatem otrzymanie takiej zaliczki rodzi obowiązek podatkowy w jej wysokości. Zaliczka ta powinna także zostać odpowiednio udokumentowana. Uregulowania w tym zakresie znalazły się w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 25 maja 2005 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług.

§15 ust. 1 tego rozporządzenia wskazuje, iż m.in. w przypadku usług budowlanych fakturę wystawia się nie później niż z chwilą powstania obowiązku podatkowego.

Łącząc wyżej przedstawione przepisy dochodzimy zatem do wniosku, że fakturę na zaliczkę trzeba wystawić w dniu jej otrzymania. Obowiązek podatkowy z tytułu takiej wpłaty powstaje bowiem z chwilą jej otrzymania, a fakturę trzeba wystawić z chwilą powstania obowiązku podatkowego.

Otrzymana zaliczka jest oczywiście wartością brutto. Trzeba z niej metodą „w stu” wyodrębnić wartość netto oraz należny podatek VAT.

Jeżeli wpłacone zaliczki nie pokrywają całej należności za wykonane usługi, podatnik musi wystawić fakturę końcową na zasadach ogólnych, której wartość pomniejsza o wcześniej wpłacone zaliczki. W fakturze takiej powinien jednak podać numery faktur zaliczkowych. Jeżeli jednak zaliczki pokryły całość należności za wykonane usługi – podatnik faktury końcowej już nie wystawia.

Reasumując powyższe, podatnik na otrzymane zaliczki powinien wystawić faktury w dniu ich otrzymania. W tym momencie powstaje także obowiązek podatkowy, a co za tym idzie – podatnik zaliczki takie uwzględni w deklaracji VAT za okres, w którym je otrzymał.