Transakcje z rolnikami ryczałtowymi zostały opisane w art. 115 i 116 ustawy o podatku od towarów i usług. Zgodnie z tymi przepisami, rolnikowi dokonującemu dostawy produktów rolnych dla podatnika podatku VAT, który rozlicza ten podatek, przysługuje zryczałtowany zwrot podatku z tytułu nabywania niektórych środków produkcji dla rolnictwa opodatkowanych tym podatkiem. Kwota zryczałtowanego zwrotu podatku jest wypłacana rolnikowi ryczałtowemu przez nabywcę produktów rolnych. Stawka tego podatku wynosi (od 01 maja 2008 r.) 6 proc. kwoty należnej z tytułu dostawy produktów rolnych pomniejszonej o kwotę zryczałtowanego zwrotu podatku (wcześniej było to 5 proc.).

Z tytułu takiej transakcji nabywca produktów rolnych od rolnika ryczałtowego wystawia w dwóch egzemplarzach fakturę dokumentującą nabycie tych produktów, zwaną fakturą VAT RR. Szczegółowe dane, jakie powinna taka faktura zawierać, zostały określone w art. 116 ustawy o VAT. Przepis ten ponadto w ust. 6 określa, kiedy zryczałtowany zwrot podatku stanowi podatek naliczony u nabywcy. Jest to rozliczenie za miesiąc, w którym dokonano zapłaty, jednak pod warunkiem że:

1) nabycie produktów rolnych jest związane z dostawą opodatkowaną;
2) zapłata należności za produkty rolne, obejmująca również kwotę zryczałtowanego zwrotu podatku, nastąpiła na rachunek bankowy rolnika ryczałtowego nie później niż 14. dnia, licząc od dnia zakupu, z wyjątkiem przypadku, gdy rolnik zawarł umowę z podmiotem nabywającym produkty rolne określającą dłuższy termin płatności;
3) w dokumencie stwierdzającym dokonanie zapłaty, o której mowa w pkt 2, zostaną podane numer i data wystawienia faktury potwierdzającej nabycie produktów rolnych.

Datą dokonania zapłaty jest tutaj data wydania dyspozycji bankowej przekazania środków finansowych na rachunek bankowy rolnika ryczałtowego, jeżeli dyspozycja taka została zrealizowana.

Ustawodawca nie wyjaśnia niestety wprost, jak należy postąpić w sytuacji, gdy płatność za takie faktury jest rozbita na kilka wpłat. Analizując przepisy ustawy można jednak dojść do stwierdzenia, że w takiej sytuacji podatek wynikający z faktur VAT RR stanie się u nabywcy podatkiem naliczonym w miesiącu, w którym podatnik dokonał ostatniej wpłaty, a tym samym uregulowana została cała należność. Ustawa wskazuje bowiem na zapłatę należności, a z taką mamy do czynienia z chwilą jej uregulowania w całości, kiedy to należność wygasa. Oczywiście należy także pamiętać o pozostałych warunkach koniecznych do spełnienia, aby podatek ten odliczyć.

Stanowisko takie zajmują także organy podatkowe. Przykładowo Urząd Skarbowy w Białej Podlaskiej w interpretacji z dnia 12.09.2005 r. nr PP/443-66/05 wskazał, że „(…) zapłata odnosi się do pełnej kwoty należności obejmującej zryczałtowany zwrot podatku. Zapłata częściowa nie jest wystarczająca dla dokonania odliczenia. Jeżeli więc podatnik dokona zapłaty w ratach należy przyjąć, iż miesiącem, w którym podatnik nabywa prawo do podwyższenia podatku naliczonego o kwotę zryczałtowanego zwrotu jest miesiąc, w którym nastąpiła płatność ostatniej raty. (…)”