Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Jeżeli zatem podatnik wykorzystywał i będzie wykorzystywał remontowany samochód do wykonywania czynności opodatkowanych, od wydatków na remont co do zasady przysługuje mu prawo do odliczenia podatku naliczonego. Jeżeli samochód taki byłby wykorzystywany zarówno do czynności opodatkowanych jak i zwolnionych, przy odliczeniu podatku musiałby zastosować proporcję VAT (zgodnie z zasadami wynikającymi z art. 90 ustawy o VAT), a w sytuacji, gdyby samochód ten był wykorzystywany jedynie do czynności zwolnionych, prawo do odliczenia podatku naliczonego nie przysługuje.

W art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT ustawodawca wskazał jednak na pewne ograniczenie. Otóż podatnik nie ma prawa odliczyć tego podatku od zakupów towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego.

W tym miejscu należy przytoczyć art. 23 ust. 1 pkt 48 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz art. 16 ust. 1 pkt 50 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Wskazują one mianowicie, że nie uważa się za koszty uzyskania przychodów strat powstałych w wyniku utraty lub likwidacji samochodów oraz kosztów ich remontów powypadkowych, jeżeli samochody nie były objęte ubezpieczeniem dobrowolnym.

Jeżeli zatem samochód nie był objęty ubezpieczeniem dobrowolnym (AC), to podatnik nie może zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów wydatków na remont powypadkowy takiego samochodu, a tym samym – zgodnie z art. 88 ust. 1 pkt – nie przysługuje mu odliczenie podatku VAT. W naszym przypadku jednak samochód był tym ubezpieczeniem objętym, a co za tym idzie, podatnik zaliczy do kosztów wydatki na remont, a tym samym może także odliczyć podatek VAT.

Przepisy ustawy o podatku od towarów i usług nie mówią natomiast nic o tym, aby wskutek otrzymanego odszkodowania od ubezpieczyciela podatnik musiał korygować podatek naliczony odliczony od zakupów związanych z remontem powypadkowym samochodu. Wypłacone odszkodowanie zatem nie wpływa na rozliczenie podatku VAT.