W odniesieniu do zczp przede wszystkim należy pamiętać, iż uptu w żadnym miejscu nie posługuje się pojęciem zczp, a wspomina jedynie o przedsiębiorstwie oraz zakładzie (oddziale) samodzielnie sporządzającym bilans. Jak dotąd fiskus jednolicie uznawał, że zbycie zczp (a więc jedynie pewnej części przedsiębiorstwa) nie jest tożsame ze zbyciem przedsiębiorstwa, co oznacza, że powinno ono podlegać opodatkowaniu VAT. Jedynie wówczas, gdy zczp była zarazem jednostką samobilansującą się, zastosowanie miało wyłączenie z opodatkowania VAT przewidziane w art. 6 pkt 1 uptu.

Tytułem przykładu wskazać można pismo Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu (nr ILPB3/423-220/07-4/HS), w którym organ stwierdził m.in., iż:

• Przedsiębiorstwo może stanowić zakład lub oddział innego większego przedsiębiorstwa, a więc jeden podatnik może mieć ich kilka.
• Aby zczp mogła zostać uznana za przedsiębiorstwo, a jej sprzedaż nie podlegała VAT – musi posiadać pełną samodzielność finansową, która wyraża się przede wszystkim w sporządzaniu samodzielnego bilansu z prowadzonej w jego ramach działalności.

Innego zdania jest jednak warszawski WSA, który w wyroku z 7 lutego 2008 r. (sygn. akt III SA/ Wa934/07) stwierdził, że przedstawiciele fiskusa błędnie utożsamiają przedsiębiorstwo z całością majątku. Zdaniem sądu w skład spółki może bowiem wchodzić – w znaczeniu nadanym przez art. 55¹ kc – więcej niż jedno przedsiębiorstwo. Zdaniem sądu każdy zespół składników majątkowych, dający się wyodrębnić poprzez funkcjonalne powiązanie polegające na przydatności do realizacji określonego działania gospodarczego, bez względu na jego organizacyjne wyodrębnienie w postaci zakładu czy też oddziału, będzie przedsiębiorstwem w rozumieniu art. 55¹ kc.

Zdaniem sądu przepisy uptu powinny być odczytywane w nawiązaniu do regulacji wspólnotowych oraz wydanego na ich gruncie orzecznictwa. WSA odwołał się w szczególności do wyroku ETS z 27 listopada 2003 r. w sprawie Zita Modes Sarl (C-497/01), w którym Trybunał orzekł, że wynikająca z art. 5 ust. 8 VI Dyrektywy (obecnie art. 19 dyrektywy VAT 2006/112/WE) zasada braku dostawy ma zastosowanie do każdego przeniesienia przedsiębiorstwa, jak również samodzielnej jego części, obejmującego składniki materialne oraz niematerialne, które łącznie składają się na to przedsiębiorstwo lub jego część mogącą samodzielnie prowadzić działalność gospodarczą. Innymi słowy przyjęta przez dane państwo członkowskie zasada nieopodatkowywania transakcji mającej za przedmiot przedsiębiorstwo powinna znajdować zastosowanie także w odniesieniu do zorganizowanej części przedsiębiorstwa.

Oznacza to, iż za przedsiębiorstwo powinno się uważać każdy zespół składników materialnych i niematerialnych służących do realizacji określonych zadań gospodarczych, bez względu na to, czy obejmuje on całość, czy też jedynie część majątku firmy. To z kolei oznacza, że art. 6 pkt 1 uptu ma zastosowanie także do zbycia zestawu składników materialnych i niematerialnych służących prowadzeniu działalności bez względu na to, czy jednostka ta samodzielnie sporządza bilans.

Omawiany wyrok może w przyszłości spowodować zmianę stanowiska fiskusa odnośnie do vatowskich skutków zbycia zczp. Może okazać się, iż fiskus będzie kwestionował rozliczenia tego typu transakcji dokonane w przeszłości i uznawać je za niepodlegające VAT. Konsekwencją takiego postępowania byłaby konieczność opodatkowania tej czynności pcc, a jednocześnie skutkowałoby to zakazem odliczenia VAT przez nabywcę zczp.