Zgodnie z art. 19 ust. 13 pkt 2 lit. d) ustawy o podatku od towarów i usług, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty, nie później jednak niż 30. dnia, licząc od dnia wykonania usług budowlanych lub budowlano-montażowych.

Decydujące znaczenie przy określeniu momentu powstania obowiązku podatkowego w podatku VAT ma tutaj zatem data otrzymania zapłaty za wykonane usługi. Istotne jest to jednak tylko w tych przypadkach, w których zapłata nastąpi przed upływem miesiąca od daty wykonania usługi. Jeżeli nabywca ureguluje należność później (np. po dwóch miesiącach), obowiązek w podatku VAT powstanie 30-tego dnia od dnia wykonania usługi.

Do powyższego ustawodawca dostosował również przepisy w zakresie wystawiania faktur VAT za takie usługi. § 15 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 25 maja 2005 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług wskazuje, że:

1. M.in. w przypadkach określonych wyżej, fakturę wystawia się nie później niż z chwilą powstania obowiązku podatkowego.
2. Faktury te nie mogą być wystawione wcześniej niż 30. dnia przed powstaniem obowiązku podatkowego.

Przedsiębiorcy świadczący powyższe usługi powinni się dostosować do podanych przepisów. Ich obowiązkiem jest wykazanie podatku należnego za świadczone usługi we właściwym okresie rozliczeniowym. Bardzo często nie jest on równy okresowi, w którym usługi te były świadczone. Jak bowiem wskazano wyżej, moment powstania obowiązku podatkowego wytycza tutaj moment otrzymania zapłaty za usługi bądź 30-sty dzień od wykonania usługi, jeżeli do tego dnia należność nie została uregulowana.

Przedsiębiorca przy tym nie może sobie wybrać metody ogólnej powstania obowiązku podatkowego (czyli z chwilą wykonania usługi, bądź jeżeli powinna być ona udokumentowana fakturą VAT, z chwilą jej wystawienia jednak nie później niż siódmego dnia od wykonania usługi). Podane wyżej przepisy są bowiem szczególnymi, które mają pierwszeństwo w stosowaniu przed przepisami ogólnymi. Jak jednak postąpić w sytuacji, w której podatnik wykaże za wcześnie obowiązek podatkowy, np. wykonał usługę w lipcu 2008 r. i w tym samym miesiącu wykazał VAT należny z tego tytułu, a zapłatę otrzymał dopiero we wrześniu 2008 r., a co za tym idzie - obowiązek podatkowy powinien wykazać w sierpniu 2008 r.?

Przedwczesne wykazanie obowiązku podatkowego skutkuje tym, że w jednym miesiącu (w naszym przypadku lipiec 2008) powstaje u podatnika nadpłata podatku, natomiast w drugim (sierpień 2008 r.) zaległość podatkowa. Podatnik powinien w związku z tym skorygować deklaracje za okresy, w których zadeklarował błędny podatek, do których powinien dołączyć także wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku VAT (za miesiąc lipiec 2008 r.). We wniosku tym powinien wskazać, iż powstałą nadpłatę organ podatkowy ma zaliczyć na poczet zaległości podatkowej za miesiąc, w którym w związku z powyższym ta powstała (czyli sierpień 2008 r.). To wywoła jednak kolejne skutki prawne.

Zgodnie bowiem z art. 73 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej, nadpłata podatku powstaje z dniem złożenie korekty deklaracji w podatku od towarów i usług obniżającej wysokość zobowiązania podatkowego, w związku ze zwiększeniem kwoty podatku naliczonego lub obniżeniem kwoty podatku należnego w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług.

W takiej sytuacji istnieje niebezpieczeństwo, że od zaległości podatkowej (która w naszym przypadku miała miejsce w sierpniu 2008 r.) podatnik będzie musiał zapłacić karne odsetki za zwłokę jeżeli korekty deklaracji zostaną złożone w organie podatkowym po terminie płatności tej zaległości, czyli w naszym przypadku po dniu 25 września 2008 r.

Przykład: Podatnik złożył korekty deklaracji za lipiec i sierpień 2008 r. 22 października 2008 r., w których wykazał prawidłowo obowiązek podatkowy za wykonane usługi w miesiącu sierpniu. Za miesiąc lipiec powstała w związku z tym u niego nadpłata podatku, z tym, że datą jej powstania jest 22 październik 2008 r. Natomiast zaległość podatkowa za sierpień powstała w dniu 25 września 2008 r.

W takiej sytuacji, zdaniem autora, organy podatkowe powinny jednak stosować wnioski płynące z wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 15 maja 2003 r. (sygn. akt I SA/Sz 1458/01), w którym to sąd uznał, że złożenie przez podatnika równocześnie deklaracji korygującej zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za dwa okresy rozliczeniowe w ten sposób, że wykazany wcześniej za jeden z tych miesięcy podatek należny skorygowany zostaje do zera i wykazany w skorygowanej deklaracji za późniejszy okres rozliczeniowy, nakłada na organ podatkowy obowiązek zaliczenia przedwcześnie uiszczonego podatku na poczet podatku należnego później i to z datą wymagalności tego ostatniego.