Chodzi o zwolnienie zawarte w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Przepis ten wskazuje, że wolne od podatku dochodowego są dochody otrzymane przez podatnika, jeżeli:

a) pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy oraz

b) podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy; zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca - bez względu na rodzaj umowy - wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.

W odpowiedzi na interpelację resort podkreślił, że powyższe zwolnienie nie ma zastosowania do środków pochodzących ze źródeł krajowych. Przy projektach realizowanych z udziałem środków funduszy strukturalnych stanowią one refundację wcześniej poniesionych wydatków sfinansowanych publicznymi środkami.

Ponadto resort podkreślił, że przyjmując argumenty sądów administracyjnych (m.in. wyroki WSA w Krakowie z dnia 13 czerwca 2007 r., sygn. akt I SA/Kr 1555/06, oraz WSA w Rzeszowie z dnia 21 sierpnia 2007 r., sygn. akt I SA/Rz 490/07), zgodnie z którymi „prefinansowanie” jest jedynie techniczną kwestią, która nie ma wpływu na faktyczne pochodzenie środków, nie jest możliwe rzetelne wydzielenie tej części wynagrodzenia, która pochodzi ze środków unijnych. Plan finansowy dla realizacji danego programu zakłada bowiem maksymalne wartości procentowe struktury wsparcia, jednak faktycznie otrzymanego dofinansowania nie można rzetelnie podzielić i ustalić, ile z niego stanowi wkład krajowy, a ile pochodzi z funduszy strukturalnych.

Brak możliwości rzetelnego ustalenia, która część wynagrodzenia pochodzi ze środków krajowych, a która z funduszy strukturalnych, wyklucza możliwość zastosowania zwolnienia od podatku dochodowym. Tym samym, zdaniem Ministerstwa Finansów, dochód ze stosunku pracy podatnika wykonującego w ramach obowiązków służbowych czynności związane z realizacją projektów współfinansowanych z funduszy strukturalnych w całości podlega opodatkowaniu tym podatkiem.

Dodatkowo resort podkreślił, że w powyższej sprawie orzecznictwo sądów administracyjnych nie jest jednolite. Za zwolnieniem opowiedziały się WSA w Krakowie i Rzeszowie w ww. wyrokach. Natomiast WSA w Warszawie w wyrokach z dnia 7 grudnia 2007 r. (sygn. akt III SA/Wa 1756/07) oraz 30 stycznia 2008 r. (sygn. akt III SA/Wa 1884/07) uznał, że do dochodów sfinansowanych z funduszy strukturalnych nie stosuje się powyższego zwolnienia.