W wyroku z dnia 22 grudnia 2008 r. (sprawa C-414/07) Europejski Trybunał Sprawiedliwości uznał, iż polskie przepisy w zakresie ograniczenia odliczenia podatku VAT od paliwa nabywanego do napędu samochodów firmowych, które zostały wprowadzone 1 maja 2004 r. i następnie zmienione 22 sierpnia 2005 r., są sprzeczne z przepisami unijnymi. Polska mogła bowiem z chwilą przystąpienia do Unii Europejskiej zachować jedynie te ograniczenia, które obowiązywały wcześniej. Wtedy natomiast w polskiej ustawie o VAT znajdowały się przepisy odnoszące do tzw. samochodów z kratką.

Sukcesywnie zatem zmniejszano podatnikom prawo do odliczenia podatku VAT od paliwa. Co istotne miało to wpływ nie tylko na odliczany podatek naliczony od paliwa, ale także od zakupu tych samochodów czy ich leasingu.

Podatnicy, którzy utracili prawo do odliczenia podatku naliczonego od powyższych zakupów, zaliczali go w koszty uzyskania przychodów. Zgodnie bowiem z przepisami ustaw o podatku dochodowym, VAT naliczony, o który podatnik nie miał prawa pomniejszyć podatku należnego, stanowi jego koszt podatkowy.

Wskazany wyrok ETS umożliwił podatnikom odzyskanie nieodliczonego podatku VAT. W tym celu trzeba złożyć korekty deklaracji w podatku od towarów i usług wraz z wnioskami o stwierdzenie nadpłaty.

Problem pojawił się jednak po stronie podatku naliczonego. Jak bowiem wskazano wyżej, nieodliczony podatek VAT został zaliczony do kosztów uzyskania przychodów. W związku z tym nasuwają się wątpliwości dotyczące skutków w podatku dochodowym tego wyroku. Mianowicie, czy wraz z korektami deklaracji konieczna jest korekta kosztów uzyskania przychodów w podatku dochodowym, a co za tym idzie korekta wysokości tego podatku za ubiegłe lata?

Wątpliwości te rozwiało Ministerstwo Finansów w zamieszczonym na swojej stronie internetowej komunikacie z dnia 12 stycznia 2009 r. Resort podkreśla w nim, że podatnicy nie są obowiązani do korygowania kosztów uzyskania przychodów. Jak czytamy w komunikacie „(…) Kwota zwrotu lub obniżenia podatku w części uprzednio zaliczonej do kosztów uzyskania przychodów będzie stanowiła przychód w podatku dochodowym w momencie otrzymania zwrotu. Wynika to wprost z art. 14 ust. 2 pkt 7d ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz art. 12 ust. 1 pkt 4f ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, zgodnie z którymi w przypadku obniżenia lub zwrotu podatku od towarów i usług zgodnie z odrębnymi przepisami, naliczony podatek od towarów i usług stanowi przychód w tej części, w której podatek uprzednio został zaliczony do kosztów uzyskania przychodów. (…)”

Podatnicy zatem nie będą musieli korygować podatku dochodowego za ubiegłe lata (co rozwiązuje także problem ewentualnych odsetek za zwłokę), a otrzymany zwrot podatku doliczą na bieżąco do przychodów podatkowych.