Zgodnie z tym przepisem, jeżeli zasadność zwrotu VAT wymagała dodatkowego sprawdzenia - naczelnik urzędu skarbowego mógł przedłużyć termin zwrotu do czasu zakończenia postępowania wyjaśniającego (podobnie rzecz się ma obecnie). RPO kwestionował ten przepis twierdząc, że uptu nie wskazuje jasnych przesłanek wszczęcia postępowania wyjaśniającego ani też maksymalnego terminu jego prowadzenia przez organ podatkowy, a to zaś czyni iluzoryczną zasadę neutralności VAT.

W omawianej sprawie Trybunał rozpatrzył zarzuty RPO, analizując odpowiednie przepisy Ordynacji podatkowej, Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi i Kodeksu postępowania administracyjnego, a ponadto regulacje Dyrektywy 2006/112 oraz orzecznictwo sądów administracyjnych i ETS. Trybunał wziął także pod uwagę przedstawioną przez Ministra Finansów praktykę stosowania kwestionowanego przepisu. Zdaniem TK systemowa analiza gwarancji, zabezpieczających interesy płatnika VAT przed arbitralnością administracji finansowej, prowadzącej postępowanie wyjaśniające, nie potwierdza zarzutów wniosku. Kwestionowany przepis uptu określał zdaniem TK zarówno przesłanki wszczęcia postępowania sprawdzającego, jak i wyznaczał ramy czasowe jego prowadzenia. Informacje przedstawione Trybunałowi przez Ministra Finansów potwierdzały, że złożoność życia gospodarczego oraz indywidualne zachowania podatników powodują, że stworzenie zamkniętego katalogu przesłanek, których wystąpienie uzasadnia przedłużenie terminu do dokonania zwrotu podatku, jest niemożliwe.

Minister Finansów wskazał jednocześnie listę przykładowych przesłanek wszczęcia postępowania. W praktyce postępowanie wyjaśniające jest wszczynane przede wszystkim wtedy, gdy z prowadzonych postępowań kontrolnych wynika, iż dotychczasowe nieprawidłowości w rozliczeniach mogą mieć wpływ na bieżące rozliczenia podatnika i gdy brak aktywności samego podatnika lub jego celowe działania uniemożliwiają potwierdzenie zasadności zwrotu. Zdaniem Trybunału RPO formułując swój zarzut nie wziął pod uwagę kontekstu systemowego kwestionowanego przepisu oraz możliwych jego interpretacji stosowanych w utrwalonym orzecznictwie sądowym, jak również nie wykazał, że praktyka stosowania tego przepisu doprowadziła w istocie do nadania mu w trwały sposób niekonstytucyjnej treści.


Poradnik „VAT w praktyce” to serwis informacyjny, w którym zawsze znajdziesz aktualne informacje, porady.