Jakie wątpliwości wyjaśnił organ podatkowy?

W zapytaniu podatnik wskazał, że wspólnota mieszkaniowa będąca właścicielem strychu budynku, wyraziła w 1996 r. zgodę na jego nadbudowę i adaptację przez podatnika i jego żonę. Wnioskodawca uzyskał decyzję o warunkach zabudowy i zagospodarowaniu terenu, następnie decyzję o pozwoleniu na budowę oraz projekt robót zatwierdzony przez Wydział Architektury Urzędu Dzielnicowego. Ponosił wszelkie koszty z tym związane, podobnie jak i koszty prac budowlanych. Po zakończeniu tych prac podatnik otrzymał zaświadczenie o ukończeniu prac budowlanych oraz braku zastrzeżeń sanitarno-porządkowych. W 1998 r. zostało wydanie potwierdzenie przyjęcia obiektu budowlanego do użytkowania, a następnie została zawarta umowa najmu tego lokalu mieszkalnego. Następnie 6 października 2008 r. podatnik nabył do małżeńskiej wspólności ustawowej, na mocy umowy ustanowienia odrębnej własności lokalu oraz umowy sprzedaży tegoż lokalu i oddania gruntu w użytkowanie wieczyste zawartej w formie aktu notarialnego, powyższy zaadaptowany lokal mieszkalny o powierzchni 120,61 m². Koszty adaptacji nigdy nie zostały mu zwrócone. W związku z tym zadano pytanie, czy w opisanej sytuacji podstawą opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych powinna być cena lokalu wraz z udziałem w nieruchomości wspólnej, czy tylko cena udziału w nieruchomości wspólnej (po odliczeniu kosztów nakładów poniesionych przez podatnika)? W przedmiotowej sprawie organ podatkowy zajął następujące stanowisko:

„(…) Na podstawie art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 09 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (t. j. Dz. U. z 2007 r. Nr 68, poz. 450 ze zm.) podatkowi od czynności cywilnoprawnych podlegają umowy sprzedaży oraz zamiany rzeczy i praw majątkowych.

Zgodnie z art. 3 ust. 1 pkt 1 powyższej ustawy obowiązek podatkowy z tytułu sprzedaży nieruchomości powstaje z chwilą dokonania czynności cywilnoprawnej, przy czym ciąży on na kupującym (art. 4 pkt 1).

Natomiast zgodnie z art. 6 ust. 1 pkt 1 lit. c ustawy podstawę opodatkowania przy umowie sprzedaży nieruchomości stanowi jej wartość rynkowa, którą określa się na podstawie przeciętnych cen stosowanych w obrocie rzeczami tego samego rodzaju i gatunku, z uwzględnieniem ich miejsca położenia, stanu i stopnia zużycia, oraz w obrocie prawami majątkowymi tego samego rodzaju, z dnia dokonania tej czynności, bez odliczania długów i ciężarów (art. 6 ust. 2).