W rozpatrywanej przez sąd sprawie spółka kupiła prawo użytkowania wieczystego gruntu wraz ze znajdującym się na tym gruncie budynkiem. Od transakcji tej spółka zapłaciła podatek od czynności cywilnoprawnych. Organ podatkowy stwierdził jednak, iż podatek ten został naliczony od zbyt niskiej wartości. Powołał biegłych, w oparciu o opinię których podwyższył wartość transakcji, a co za tym idzie, także i podatek. Biegli ci dokonali wyceny całej nieruchomości, tj. gruntu wraz ze znajdującym się na nim budynkiem, uwzględniając przy tym rzeczywisty stan budynku z daty dokonania czynności.

Z powyższym nie zgodziła się spółka, która uznała, iż wartość rynkowa nieruchomości została błędnie określona. Nie powinna ona bowiem zawierać wartości budynku, gdyż ten nie nadawał się do eksploatacji. Spółka po nabyciu nieruchomości budynek ten rozebrała. Przedstawiła ona także własny operat szacunkowy od biegłego, który nie zawierał wartości budynku. Sprawa trafiła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie.

Ten jednak zgodził się ze stanowiskiem organów podatkowych. Sąd przypomniał art. 6 ust. 2 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, który wskazuje iż „wartość rynkową przedmiotu czynności cywilnoprawnej określa się na podstawie cen stosowanych w danej miejscowości w obrocie rzeczami tego samego rodzaju i gatunku z uwzględnieniem ich stanu oraz stopnia zużycia, w tym w obrocie prawami majątkowymi tego samego rodzaju, z dnia dokonania tej czynności bez odliczania przejętych przez nabywców długów i ciężarów. Jeżeli jest niemożliwe oparcie się na cenach z dnia dokonania, wówczas należy przyjąć ceny transakcji zawartych w okresie najbardziej zbliżonym do dnia dokonania ocenianej czynności cywilnoprawnej ( wyrok NSA z 4 czerwca 1999 r., SA/Gd 880/97, POP 2000, z. 4, poz. 123).

Na sposób ustalenia wartości rynkowej i jej wysokość nie mają wpływu ciążące na właścicielu rzeczy (podmiocie prawa majątkowego), a związane z nią zobowiązania publicznoprawne (np. podatkowe, celne) czy prywatnoprawne (np. z tytułu składek ubezpieczeniowych, niespłaconej pożyczki, kredytu czy ceny kupna, zwrotu nakładów itd.). Tym bardziej nie ma podstaw do pomniejszenia wartości rynkowej rzeczy o wartość własnych nakładów i wydatków poniesionych w celu poprawienia jakości i funkcjonalności rzeczy (wyroki NSA: z 14 października 1999 r., SA 7572/98, teza pierwsza, LEX nr 39766 oraz z 13 grudnia 2000 r., SA/Sz 1332/99, LEX nr 53187).”

Sąd wskazał, iż organy podatkowe określając wartość rynkową nieruchomości uwzględniły opinię biegłego, która oceniła stan rzeczywisty budynku na dzień zawarcia transakcji. Ponadto nie naruszyły one przepisów prawa materialnego, przyjmując do określenia wartości rynkowej nieruchomości ceny transakcji podobnych z dzielnicy sąsiadującej. Jak bowiem wynika z art. 6 ust. 2 ustawy o PCC, wartość rynkową przedmiotu czynności cywilnoprawnej określa się na podstawie cen stosowanych w danej miejscowości, a nie jej poszczególnych częściach. Tym samym, jeżeli w danej dzielnicy nie odnotowano innych transakcji sprzedaży prawa użytkowania wieczystego w tym samym czasie, to organ podatkowy mógł określić wartość rynkową przedmiotu czynności cywilnoprawnej w oparciu o ceny transakcji podobnych w sąsiedniej dzielnicy, gdzie ceny te były zbliżone.

Sąd podkreślił ponadto, iż biegły sporządzający operat na zlecenie spółki do porównania wybrał trzy działki, które nie były ani uzbrojone ani zabudowane. Z kolei nieruchomość wyceniana stanowiła działkę posiadającą instalację elektryczną, wodociągową, kanalizacyjną, centralnego ogrzewania. Co za tym idzie, wycena sporządzona przez tego biegłego została zaniżona.

Dodatkowo WSA wskazał także, iż koszty rozbiórki poniesione przez nowego właściciela po nabyciu nieruchomości pozostają bez wpływu na wycenę tej nieruchomości według stanu z dnia nabycia.