Krakowski WSA orzekał w sprawie spółki Magoora. Sprawą tą wcześniej zajmował się Europejski Trybunał Sprawiedliwości. Chodzi oczywiście o zmiany w ustawie o podatku od towarów i usług w zakresie określenia samochodów osobowych po przystąpieniu Polski do Unii Europejskiej i ograniczeń w odliczaniu podatku VAT z tym związanych.

Przypomnijmy, iż za czasów starej ustawy o podatku od towarów i usług, podatnicy mogli odliczać podatek VAT od zakupu paliwa do samochodów o ładowności powyżej 500 kg, które posiadały homologacje. Sytuacja ta zmieniła się z dniem 01 maja 2004 r. Wtedy to weszła w życie nowa ustawa, która wprowadziła tzw. wzór Lisaka. Wzór ten uzależniał odliczenie podatku od liczby miejsc oraz ładowności pojazdu. Wyglądał on następująco:
DŁ = 357 kg + n x 68 kg
gdzie:
DŁ - oznacza dopuszczalną ładowność,
n - oznacza ilość miejsc (siedzeń) łącznie z miejscem dla kierowcy

Następnie 22 sierpnia 2005 r. ustawodawca po raz kolejny zmienił przepisy i zaczęły obowiązywać reguły w obecnym kształcie (zmieniła się m.in. definicja samochodów, do których ograniczenia w zakresie odliczenia podatku VAT mają zastosowanie).

WSA odwołał się do wyroku Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości z dnia 22 grudnia 2008 r. (sprawa C-414/07), w którym to stwierdzono, że „artykuł 17 ust. 6 akapit drugi szóstej dyrektywy Rady 77/388/EWG z dnia 17 maja 1977 r. w sprawie harmonizacji ustawodawstw państw członkowskich w odniesieniu do podatków (…) stoi na przeszkodzie temu, by państwo członkowskie, przy dokonywaniu transpozycji tej dyrektywy do prawa wewnętrznego, uchyliło całość przepisów krajowych dotyczących ograniczeń prawa do odliczenia podatku od wartości dodanej naliczonego przy zakupie paliwa do samochodów używanych dla celów działalności podlegającej opodatkowaniu, zastępując je, w dniu wejścia w życie tej dyrektywy na swym terytorium, przepisami ustanawiającymi nowe kryteria w tym przedmiocie, jeżeli - co winien ocenić sąd krajowy - te ostatnie przepisy powodują rozszerzenie zakresu zastosowania wskazanych ograniczeń. Powyższy przepis w każdym razie stoi na przeszkodzie temu, by państwo członkowskie zmieniło później swoje ustawodawstwo, obowiązujące od wyżej wskazanego dnia, w sposób, który rozszerza zakres zastosowania tych ograniczeń w stosunku do sytuacji istniejącej przed tym dniem”.

WSA w Krakowie uznał nie tylko, że wprowadzone po dniu 30 kwietnia 2004 r. ograniczenia są sprzeczne z prawem wspólnotowym, ale także iż nie jest możliwa taka wykładnia przepisów podatkowych, która pozwoliłaby na zachowanie ograniczeń obowiązujących przed 01 maja 2004 r.

Zdaniem sądu jedynym ograniczeniem w zakresie odliczenia podatku VAT od kupowanego paliwa do samochodu jest wykazanie przez podatnika, że samochód ten służy czynnościom opodatkowanym. Nie ma natomiast tutaj znaczenia jaki to jest samochód. Tym samym sąd uznał, iż odliczenie podatku VAT przysługuje na paliwo kupowane do dowolnego samochodu, o ile jest on wykorzystywany do czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług.