Jak stanowi art. 87 ust. 1 ustawy o VAT, w przypadku gdy kwota podatku naliczonego jest w danym okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy bądź też do zwrotu tej różnicy na rachunek bankowy.

Zwrot różnicy podatku następuje co do zasady w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika, na jego rachunek bankowy (art. 87 ust. 2 ustawy o VAT). Od tej ogólnej zasady ustawodawca przewidział jednak kilka wyjątków.

Otóż zgodnie z art. 86 ust. 5a ustawy o VAT, w przypadku gdy podatnik nie wykonał w okresie rozliczeniowym czynności opodatkowanych na terytorium kraju oraz czynności wymienionych w art. 86 ust. 8 pkt 1, podatnikowi przysługuje, na jego umotywowany wniosek złożony wraz z deklaracją podatkową, zwrot kwoty podatku naliczonego, podlegającego odliczeniu od podatku należnego w związku z prowadzoną działalnością gospodarczą na terytorium kraju lub poza tym terytorium, w terminie 180 dni od dnia złożenia rozliczenia.

Przytoczony wyżej art. 86 ust. 8 pkt 1 odnosi się do podatku naliczonego związanego z zakupami towarów i usług służących do dostawy towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, jeżeli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności te były wykonywane na terytorium kraju. Chodzi tutaj o różnego rodzaju czynności, w stosunku do których obowiązek podatkowy powstaje na terytorium innego kraju (czyli np. wewnątrzwspólnotowe usługi transportowe, usługi doradcze, reklamy i inne świadczone na rzecz kontrahentów zagranicznych).

Jeżeli zatem w danym okresie rozliczeniowym nie wystąpią czynności wskazane wyżej bądź sprzedaż opodatkowana (np. podatnik nie dokona w ogóle sprzedaży, bądź sprzedaż ta będzie zwolniona z podatku), zwrot nadwyżki podatku naliczonego będzie przysługiwał w terminie 180 dni. Od tej reguły ustawodawca przewidział jednak pewien wyjątek. Otóż na pisemny wniosek podatnika urząd skarbowy dokonuje zwrotu podatku w terminie nie 180 a 60 dni, jeżeli podatnik złoży w urzędzie skarbowym zabezpieczenie majątkowe w wysokości wnioskowanego zwrotu.

Zabezpieczenie to może być złożone w formie:

1. gwarancji bankowej lub ubezpieczeniowej;
2. poręczenia banku;
3. weksla z poręczeniem wekslowym banku;
4. czeku potwierdzonego przez krajowy bank wystawcy czeku;
5. papierów wartościowych na okaziciela o określonym terminie wykupu wyemitowanych przez Skarb Państwa lub Narodowy Bank Polski, bankowych papierów wartościowych i listów zastawnych o określonym terminie wykupu, wyemitowanych we własnym imieniu i na własny rachunek przez podmiot mogący być gwarantem lub poręczycielem zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej.

Przykład 1
W miesiącu wrześniu 2009 r. podatnik nie dokonał żadnej sprzedaży. Poniósł jednak wydatki na towary i usługi, od których odliczył podatek VAT. W takiej sytuacji ma on prawo do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego w terminie 180 dni. Jeżeli natomiast złożyłby w urzędzie skarbowym zabezpieczenie majątkowe, zwrot będzie mu przysługiwał w terminie 60 dni.

Przykład 2
W miesiącu wrześniu 2009 r. podatnik świadczył jedynie wewnątrzwspólnotowe usługi transportowe na rzecz kontrahenta unijnego. Usługi te nie podlegały opodatkowaniu w Polsce – były opodatkowane w kraju, w którym nabywca posiada siedzibę. W tym miesiącu poniósł on także wydatki na towary i usługi, od których odliczył podatek VAT. W takiej sytuacji mimo nie wystąpienia sprzedaży opodatkowanej w kraju, podatnikowi przysługuje zwrot podatku VAT w terminie 60 dni.