Jeżeli przed wydaniem towaru lub wykonaniem usługi otrzymano część należności, w szczególności: przedpłatę, zaliczkę, zadatek, ratę, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą jej otrzymania w tej części (art. 19 ust. 11 ustawy o podatku od towarów i usług). Zaliczka taka przy tym powinna co do zasady być potwierdzona fakturą zaliczkową (wystawioną w terminie 7 dni od dnia otrzymania zaliczki). Niezależnie jednak od daty wystawienia faktury, obowiązek podatkowy po stronie sprzedawcy powstanie zawsze w chwili otrzymania zaliczki.

Inaczej jest z podatkiem naliczonym. Zgodnie bowiem z ogólną zasadą wyrażoną art. 86 ust. 10 pkt 1 ustawy o VAT, prawo do obniżenia kwoty podatku należnego powstaje (z pewnymi wyjątkami) w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę albo dokument celny. Jeżeli podatnik nie dokona obniżenia kwoty podatku należnego w terminie określonym wyżej, może obniżyć kwotę podatku należnego w deklaracji podatkowej za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych (art. 86 ust. 11 ustawy o VAT). Dodajmy w tym miejscu, iż prze kwotę podatku naliczonego stanowi m.in. suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika potwierdzających dokonanie przedpłaty (zaliczki, zadatku, raty), jeżeli wiązały się one z powstanie obowiązku podatkowego.

Jak zatem wynika z przytoczonych przepisów, w przypadku faktury zaliczkowej stosuje się ogólne zasady odliczania podatku naliczonego. Podatnik ma zatem co do zasady aż trzy okresy rozliczeniowe, aby odliczyć podatek z tytułu wpłaconej zaliczki. Konieczne jest tutaj jednak posiadanie faktury dokumentującej tę wpłatę.

Okres odliczenia podatku niekiedy może się jednak różnić od tego, w którym sprzedawca wykaże VAT należny z tytułu otrzymanej zaliczki. Jak bowiem wskazano wyżej, obowiązek podatkowy po stronie sprzedawcy powstaje w chwili otrzymania zaliczki. Prawo do odliczenia podatku naliczonego powstaje natomiast najwcześniej w rozliczeniu za okres, w którym nabywca otrzymał fakturę. Na wystawienie tej z kolei sprzedawca ma 7 dni. Co za tym idzie, niekiedy może ona być wystawiona w innym miesiącu (kwartale), niż wpłacona zaliczka.

Przykład
Nabywca wpłacił 30 września 2009 r. sprzedawcy zaliczkę na poczet przyszłej dostawy towarów. Ten wystawił na powyższe fakturę zaliczkową 2 października 2009 r., którą dostarczył nabywcy.
Mimo, iż sprzedawca wykaże podatek należny z tytułu otrzymanej zaliczki w rozliczeniu za wrzesień 2009 r. (czyli w miesiącu otrzymania zaliczki), to nabywca będzie mógł wykazać podatek naliczony od wpłaconej zaliczki najwcześniej w miesiącu październiku 2009 r. (tj. miesiącu otrzymania faktury).

Dodajmy w tym miejscu, iż zgodnie z art. 86 ust. 12 ustawy o VAT, w przypadku otrzymania faktury przed nabyciem prawa do rozporządzania towarem jak właściciel albo przed wykonaniem usługi, prawo do obniżenia kwoty podatku należnego powstaje co do zasady z chwilą nabycia prawa do rozporządzania towarem lub z chwilą wykonania usługi. Przepis ten nie ma jednak zastosowania w przypadku zaliczek.