Jak wskazuje art. 96 ust. 1 ustawy o VAT, przedsiębiorcy przed dniem wykonania pierwszej czynności opodatkowanej podatkiem od towarów i usług są obowiązani złożyć naczelnikowi urzędu skarbowego zgłoszenie rejestracyjne. Naczelnik rejestruje takiego podatnika i potwierdza jego zarejestrowanie jako „podatnika VAT czynnego”.
Obowiązek rejestracji nie dotyczy podatników, którzy zamierzają korzystać ze zwolnienia od podatku na podstawie art. 113 ustawy lub wykonują jedynie czynności zwolnione od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 i art. 82 ust. 3 ustawy. Nic nie stoi jednak na przeszkodzie, aby i ci takie zgłoszenie rejestracyjne złożyli.

Rejestracja podatnika jako VAT-owca ma niebagatelne znaczenie dla celów podatku od towarów i usług. Jak wskazuje art. 106 ust. 1 ustawy o VAT, podatnicy, o których mowa w art. 15, są obowiązani wystawić fakturę stwierdzającą w szczególności dokonanie sprzedaży, datę dokonania sprzedaży, cenę jednostkową bez podatku, podstawę opodatkowania, stawkę i kwotę podatku, kwotę należności oraz dane dotyczące podatnika i nabywcy (z wyjątkiem sprzedaży na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej oraz rolników ryczałtowych – tutaj fakturę wystawia się jedynie na żądanie nabywcy).

Zgodnie natomiast z §4 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług, do wystawiania faktur VAT uprawnieni są jedynie czynni podatnicy VAT (czyli ci, którzy złożyli zgłoszenie rejestracyjne i nie korzystają ze zwolnienia od tego podatku).

Powyższe pociąga za sobą bardzo istotne skutki w zakresie podatku należnego i naliczonego. Jak bowiem mówi art. 88 ust. 3a pkt 1 ustawy o VAT, nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku, gdy sprzedaż została udokumentowana fakturami wystawionymi przez podmiot nieuprawniony do ich wystawienia.

Zgodnie natomiast z art. 108 ustawy o VAT, w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty.

Zgodnie zatem z przytoczonymi przepisami, jeżeli faktura VAT zostanie wystawiona przez podmiot niebędący czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług, to z jednej strony jego kontrahentowi (jako nabywcy towarów i usług) nie będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego z takiej faktury, a z drugiej strony podatnik, który tę fakturę wystawił, będzie musiał odprowadzić do urzędu skarbowego kwotę podatku z niej wynikającą.