Analizowane zagadnienie dotyczy zwolnienia, jakie na gruncie podatku dochodowego od osób fizycznych ustawodawca przewidział w art. 21 ust. 1 pkt 46 PIT. Skorzystanie z tej preferencji wymaga łącznego spełnienia przesłanek zarówno podmiotowych, jak i przedmiotowych. Po pierwsze, ściśle określony został katalog źródeł, z których pochodzić mogą otrzymane przez podatnika dochody, tj. od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO. Powyżej opisane środki powinny być przyznane na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z wyżej wskazanymi podmiotami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe. Dopuszczalne jest także przekazanie środków za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy. Po drugie, zwolnienie przysługuje podatnikowi, który bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. Nie należy się zaś ono osobom fizycznym, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez siebie programem, przy czym bez znaczenia jest rodzaj umowy, na podstawie której takie czynności zostały zlecone.
Jednym z problemów jest zbyt literalna wykładnia zwolnienia w aspekcie bezpośredniego pochodzenia środków.

Sądy kwestionują
Nie wydaje się być zasadnym stanowisko Ministerstwa Finansów odmawiające prawa do przedmiotowego zwolnienia w sytuacji, gdy źródłem otrzymywanych dochodów są fundusze strukturalne Unii Europejskiej (zob. pismo Ministra Finansów z 30.08.2006 r. oraz odpowiedź podsekretarza stanu w Ministerstwie Finansów w sprawie opodatkowania wynagrodzeń za pracę finansowaną z funduszy unijnych z dnia 22.08.2008 r.). Powyższe tłumaczono tym, iż w przypadku projektów, w które zaangażowane są fundusze strukturalne, to z funduszy tych refundowane są wcześniej poniesione z publicznych środków krajowych wydatki. Miałoby to przesądzać o krajowym, a nie zagranicznym pochodzeniu otrzymywanych środków.

Wskazana teza została zakwestionowana przez szereg orzeczeń sądowych. Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 16.09.2008 r. (sygn. II FSK 874/07) przyjął, iż: „Sposób wypłaty środków finansowych pochodzących z bezzwrotnej pomocy Unii Europejskiej jest kwestią techniczną, która nie ma znaczenia dla stosowania zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych, przewidzianego w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych. W tym wypadku kluczową kwestią jest ustalenie źródła środków składających się na bezzwrotną pomoc, czyli podmiotu, który ostatecznie ponosi ekonomiczny ciężar bezzwrotnej pomocy”.

Wcześniej pogląd taki wyraził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie, który wyrokiem z 13.06.2007 r. (I SA/Kr 1555/06) orzekł: „Artykuł 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych odsyła w sposób ogólny do pochodzenia środków bezzwrotnej pomocy. Stąd też uzasadnionym jest stanowisko, iż w istocie chodzi tu o pierwotne źródło, z którego pochodzi dochód. Bez znaczenia pozostaje okoliczność, czy środki wypłacane są bezpośrednio przez instytucje międzynarodowe, czy też następuje to za pośrednictwem podmiotów krajowych, w tym przy wykorzystaniu mechanizmu prefinansowania. Bez znaczenia jest również, czy środki wypłacane są bezpośrednio beneficjentom, czy też pośrednio, jako refundacja wcześniej poniesionych wydatków”.