Opodatkowanie podatkiem VAT sprzedawanych towarów w systemie marży polega na tym, iż podstawą opodatkowania tym podatkiem jest tutaj nie cała wartość netto, a jedynie marża stanowiąca różnicę między całkowitą kwotą, którą ma zapłacić nabywca towaru, a kwotą nabycia, pomniejszona o kwotę podatku. W ten sposób można opodatkować m.in. zakupione towary używane, w stosunku do których w uproszczeniu nie przysługiwało podatnikowi prawo do odliczenia podatku przy nabyciu (np. dokonując zakupu od osoby fizycznej nieprowadzącej działalności gospodarczej bądź od podatnika VAT, gdy sprzedaż ta była zwolniona z tego podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT).

Metoda takiego opodatkowania jest niewątpliwie bardzo korzystna dla sprzedawcy. Nie musi on bowiem naliczać podatku VAT od całej transakcji sprzedaży, a jedynie od uzyskanego na sprzedaży zysku (czyli marży). Niestety nabywca z tytułu transakcji opodatkowanej w taki sposób nie będzie miał prawa do odliczenia tego podatku. Dlaczego?

Otóż jak wskazuje art. 120 ust. 16 ustawy o VAT, podatnik nie może oddzielnie wykazać na wystawianych przez siebie fakturach podatku od dostawy towarów, w przypadku gdy opodatkowaniu podlega marża. Tym samym podatek VAT na takich fakturach nie występuje (nie jest wyodrębniony), co skutkuje brakiem podstawy do odliczenia tego podatku od takiego zakupu.

Dodajmy w tym miejscu, iż stosowanie procedury marży nie jest obowiązkiem a prawem podatnika. Co za tym idzie, może on zrezygnować z opodatkowania sprzedaży w ten sposób i opodatkować ją na zasadach ogólnych – mówi o tym art. 120 ust. 14.

Przed rezygnacją z powyższego „wyjątku” od reguły należałoby się jednak zastanowić, czy jest to opłacalne, zwłaszcza w sytuacji, gdy przedmiotem dostawy jest samochód osobowy.

W stosunku do takich pojazdów co do zasady bowiem ustawodawca wprowadza ograniczenie w zakresie odliczenia podatku VAT od ich zakupu (można odliczyć jedynie 60% podatku naliczonego, nie więcej niż 6 000 zł). Sprzedawca natomiast musiałby naliczyć ten podatek od pełnej wartości netto. Tym samym, przyjmując zysk na tym samym poziomie, ostateczne kwota do zapłaty przez nabywcę będzie niższa w przypadku, gdy sprzedaż ta będzie opodatkowana w systemie marży, aniżeli na zasadach ogólnych.

Przykład
Komis samochodowy zakupił od osoby prywatnej samochód osobowy w celach handlowych za 25 000 zł. Sprzedał go w systemie marży za 30 000 zł. Aby obliczyć prawidłowy podatek należny ustalono:

• wysokość uzyskanej marży brutto: 30 000 zł – 25 000 zł = 5 000 zł
• podatek VAT od marży brutto: 5 000 zł x 22/122 = 901,64 zł
• marża netto (zysk): 5 000 zł – 901,64 zł = 4 098,36 zł

Gdyby komis samochodowy chciał sprzedać powyższy samochód na zasadach ogólnych przy zachowaniu takiego samego poziomu zysku, kwota sprzedaży musiałaby wynieść:

• netto: 25 000 zł (wartość zakupu) + 4 098,36 zł (zakładany zysk) = 29 098,36 zł
• VAT należny: 29 098,36 x 22% = 6 401,64 zł
• wartość brutto: 29 098,36 zł + 6 401,64 zł = 35 500 zł

Od powyższego zakupu nabywca mógłby odliczyć 60% podatku VAT nie więcej niż 6 000 zł, czyli:
6 401,64 zł x 60% = 3 840,98 zł
Jego faktyczny koszt związany z zakupem (po odliczeniu podatku VAT) wyniósłby zatem:
35 500 zł – 3 840,98 zł = 31 659,02 zł.

Tym samym zakup tego samochodu w systemie marży, przy założeniu tego samego pułapu zysku dla sprzedawcy, byłby dla nabywcy tańszy o 1 659 zł niż w przypadku sprzedaży na zasadach ogólnych.

Gdyby natomiast na niezmienionym poziomie pozostawić wartość brutto przy sprzedaży samochodu na zasadach ogólnych zmniejszeniu uległby zysk komisu dokonującego sprzedaży tego samochodu. Mógłby on nawet osiągnąć wartość ujemną.