Obowiązek rocznej korekty podatku naliczonego VAT dotyczy podatników, którzy wykonują zarówno czynności, w stosunku do których przysługuje im prawo do odliczenia podatku naliczonego VAT, jak i czynności, w stosunku do których prawo to im nie przysługuje (czyli w uproszczeniu, gdy u podatnika w danym roku wystąpiła zarówno sprzedaż opodatkowana jak i zwolniona z podatku VAT).

Przepisy ustawy o podatku od towarów i usług mówią bowiem, iż w sytuacji, gdy podatku naliczonego nie można jednoznacznie przypisać do sprzedaży uprawniającej do odliczenia VAT ani do sprzedaży nie dającej prawa do tego odliczenia, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego (art. 90 ust. 2 ustawy o VAT).

Proporcję tę ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi prawo to nie przysługuje (art. 90 ust. 3 ustawy o VAT). Proporcję tę ustala się procentowo w stosunku rocznym na podstawie obrotu osiągniętego w roku poprzedzającym rok podatkowy, w odniesieniu do którego jest ustalana proporcja i zaokrągla w górę do najbliższej liczby całkowitej (art. 90 ust. 4 ustawy o VAT).

Tak ustaloną proporcję stosuje podatnik przez cały rok podatkowy. Następnie po jego zakończeniu ustala on nowy współczynnik proporcji na podstawie obrotów faktycznie osiągniętych w danym roku i dokonuje korekty odliczonego wcześniej podatku ustalonego przy zastosowaniu współczynnika z roku poprzedniego.

Dokonanie takiej rocznej korekty podatku powoduje powstanie przychodu lub kosztu w podatku dochodowym w miesiącu, w którym składana jest deklaracja VAT zawierająca tą korektę. Jest to odpowiednio luty (gdy podatnik rozlicza się z podatku VAT za okresy miesięczne) bądź kwiecień (gdy podatnik rozlicza się z podatku VAT za okresy kwartalne).

Przychód wystąpi wtedy, gdy wskutek korekty podatek naliczony podlegający odliczeniu ulegnie zwiększeniu. Z kosztem będziemy natomiast mieć do czynienia w sytuacji, gdy podatek naliczony podlegający odliczeniu wskutek korekty ulegnie zmniejszeniu (patrz art. 14 ust 2 pkt 7f updof i art. 23 ust. 1 pkt 43 lit. c) updof).

Powyższe należy zaewidencjonować w prowadzonej księdze przychodów i rozchodów pod datą złożenia deklaracji podatkowej, w której roczna korekta VAT została wykazana. W przypadku powstania przychodu stosowną kwotę należy ująć w kolumnie 8 księgi: „Pozostałe przychody”. Z kolei w sytuacji, gdy korekta spowoduje powstanie kosztu, należy go wykazać w kolumnie 13 księgi: „Pozostałe wydatki”.