Art. 88 ust 3a pkt 1lit. a) ustawy o podatku od towarów i usług mówi, że nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury wystawione przez podmiot nieistniejący lub nieuprawniony do ich wystawienia.

W związku z powyższym, jeżeli dostawca nie jest czynnym podatnikiem VAT zarejestrowanym w urzędzie skarbowym i wystawił fakturę VAT nabywcy, temu drugiemu – zgodnie z art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a) ustawy o VAT – nie będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku na fakturze tej wykazanego. Czy aby jednak tak daleko idące postępowanie jest prawidłowe?

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w wyroku z dnia 09.06.2009 r. sygn. akt I SA/Po 264/09 (orzeczenie prawomocne) uznał, że nie. W rozpatrywanej przez sąd sprawie skarżąca (spółka) w deklaracji VAT za grudzień 2006 r. wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy. W trakcie czynności kontrolnych organ podatkowy stwierdził, że w ewidencji zakupów uwzględniła ona fakturę wystawioną przez przedsiębiorcę, który nie posiadał statusu podatnika VAT czynnego. W oparciu o art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a) ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług organ odmówił spółce prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z zakwestionowanej faktury.

Od powyższego spółka się odwołała, jednakże Dyrektor Izby Skarbowej podtrzymał stanowisko urzędu skarbowego. Sprawa trafiła więc na wokandę WSA w Poznaniu. Ten uchylił decyzje organów podatkowych przyznając rację skarżącej.

Sąd podkreślił, iż pogląd reprezentowany przez fiskusa, zgodnie z którym uprawnienie do dokumentowania sprzedaży fakturami VAT posiadają wyłącznie podmioty zarejestrowane jako podatnicy czynni, posiadający numer identyfikacji podatkowej, tj. podatnicy, którzy złożą w urzędzie skarbowym zgłoszenie rejestracyjne VAT-R, przy czym skutku takiego nie wywołuje samo wystawienie faktury VAT czy też złożenie deklaracji dla podatku od towarów i usług – nie daje się pogodzić zarówno z prawodawstwem wspólnotowym w zakresie podatku od wartości dodanej, jak też orzecznictwem ETS oraz polskich sądów administracyjnych.

WSA wskazał na generalną zasadę zawartą w art. 17 VI Dyrektywy (przepis ten określa także przypadki, w których podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego, zgodnie z którymi wymagany jest tutaj jedynie związek zakupów z działalnością opodatkowaną), zgodnie z którą prawo do odliczenia podatku powstaje u nabywcy z chwilą, kiedy u dostawcy powstaje obowiązek podatkowy, a także zasadę neutralności podatku VAT dla podatników, wyrażoną w I Dyrektywie.

Uwzględniając szczególną rolę prawa podatnika do odliczenia podatku naliczonego, jako wyrazu realizacji zasady neutralności podatku VAT oraz relacje pomiędzy prawem krajowym a wspólnotowym, sąd wskazał, że jeśli „(…)w prawie wspólnotowym nie ma regulacji, które pozwalałyby na ograniczenie prawa podatników do odliczenia podatku naliczonego, to prawo do tego odliczenia powinno być respektowane przez ustawodawcę krajowego, a wszelkie przepisy krajowe zawierające ograniczenia w tym zakresie powinny być interpretowane w sposób pozwalający zapewnić praktyczną realizację wspomnianej wyżej zasady neutralności podatku VAT oraz umożliwiający osiągnięcie celu zakładanego przez obowiązujące w tym zakresie Dyrektywy w postaci zachowania zasad równej konkurencji na wspólnym rynku.(…)”

Co za tym idzie, art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a ustawy o VAT, wykluczający możliwość obniżenia podatku, zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego z uwagi na fakt udokumentowania sprzedaży fakturami wystawionymi przez podmiot nieuprawniony do wystawiania takich dokumentów jest niezgodny z zasadami i normami prawa wspólnotowego w takim znaczeniu, które utożsamia podmiot niezarejestrowany jako czynny podatnik VAT z podmiotem nieuprawnionym.

Konkludując, jeżeli dana transakcja faktycznie miała miejsce, to nawet w sytuacji, gdy sprzedawca nie jest zarejestrowanym podatnikiem VAT, nabywca ma prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury wystawionej przez takiego sprzedawcę.