Jak wskazuje art. 116 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług, w przypadku zakupu produktów rolnych od rolnika ryczałtowego to wystawca (czynny podatnik VAT) wystawia fakturę transakcję tą dokumentującą, oznaczoną symbolem VAT RR. Jej oryginał trafia do dostawcy (czyli rolnika). Inna jest tutaj także stawka podatku (zwana stawką zryczałtowanego zwrotu podatku), która wynosi 6%.

Ustawodawca wymaga, aby faktura VAT RR zawierała pewne dodatkowe elementy, które nie pojawiają się przy zwykłych fakturach (np. nr dowodu osobistego sprzedawcy, data jego wydania oraz organ wydający czy specjalne oświadczenie, dla zbywcy, w którym potwierdza on że jest rolnikiem ryczałtowym). Faktury takie ponadto w odróżnieniu od innych muszą być podpisane.

Także odliczenie VAT z takiej faktury jest możliwe jedynie przy spełnieniu określonych warunków. Jak bowiem stanowi art. 116 ust. 6 pkt 2 i 3 ustawy o VAT, odliczyć ten podatek można, gdy m.in. zapłata należności za produkty rolne, obejmująca również kwotę zryczałtowanego zwrotu podatku, nastąpiła na rachunek bankowy rolnika ryczałtowego nie później niż 14. dnia, licząc od dnia zakupu (z wyjątkiem przypadku, gdy rolnik zawarł umowę z podmiotem nabywającym produkty rolne określającą dłuższy termin płatności), a sam dowód stwierdzający dokonanie zapłaty (czy z reguły przelew bankowy) zawiera numer i datę wystawienia faktury potwierdzającej nabycie produktów rolnych, bądź – w przypadku zaliczki – na fakturze potwierdzającej zakup produktów rolnych podano dane identyfikacyjne dokumentu stwierdzającego dokonanie zapłaty.

Jak zatem wynika z powyższego, samo uregulowanie zapłaty za nabyte produkty rolne przelaniem odpowiedniej kwoty na konto rolnika nie jest tutaj wystarczające, aby odliczyć podatek VAT z faktury VAT RR. Dowód zapłaty musi bowiem zawierać także numer i datę tej faktury a przy przedpłacie na faktura VAT RR musi zawierać dane dowodu zapłaty.

Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 09.02.2010 r. (sygn. akt I FSK 1787/08) wskazał jednak, że niedopełnienie jedynie wymogu czysto formalnego, jakim jest niepodanie na przelewie daty lub numeru faktury VAT RR, nie może automatycznie dyskwalifikować prawda podatnika do odliczenia z tej faktury podatku VAT.

W rozpatrywanej przez sąd sprawie spółka nabyła produkty rolne (trzoda chlewna) od rolników ryczałtowych, na które zostały wystawione faktury VAT RR. Czynności takie faktycznie miały miejsce, czego organ podatkowy nie kwestionował. Płatności dla rolników realizowane były za pośrednictwem banków. Zachowane zostały także terminy zapłat za te faktury. Nie został jednak spełniony warunek zamieszczenia daty lub numerów wystawionych faktur VAT RR, czyli wymóg art. 116 ust. 6 pkt 3 ustawy o VAT. Na tej podstawie zarówno organy podatkowe jak i WSA uznały, że spółce nie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z tych dokumentów. W wyniku czynności prowadzonych przez organ podatkowy możliwe jednak było przyporządkowanie konkretnych przelewów na rzecz rolnika ryczałtowego do konkretnych transakcji zakupu.

W takim stanie faktycznym NSA, powołując się na art. 25 ust. 6 i 7 VI Dyrektywy uznał, iż jeśli „(…) organ stwierdził, że zarówno czynności zakupu jak i zwrotu podatku VAT dokonano, odmowa powiększenia przez spółkę podatku naliczonego w oparciu o niedopełnienie wymogu czysto formalnego, sprzeciwia się celom i istocie ustalonej procedury zwrotu podatku rolnikom ryczałtowym. Tym samym należy zgodzić się z twierdzeniem Spółki, że w ten sposób zostaje naruszona jedna z podstawowych zasad podatku od towarów i usług, czyli zasada neutralności gwarantowana poprzez istnienie systemu naliczenie-odliczenie.(…)”