O terminie zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów wynagrodzeń pracowniczych stanowi art. 22 ust. 6ba ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (dalej updof). Przepis ten mówi, że powyższe stanowią koszty uzyskania przychodów w miesiącu, za który są należne, pod warunkiem że zostały wypłacone lub postawione do dyspozycji w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony. W przypadku uchybienia temu terminowi stanowią one koszty uzyskania przychodu w chwili ich faktycznej zapłaty

Przepis ten jest w miarę przejrzysty i wskazuje, że co do zasady wynagrodzenie stanowi koszt uzyskania przychodów miesiąca, za który jest ono należne, o ile zostało wypłacone w terminie (wynikającym z przepisów prawa pracy, tj. nie później niż do 10-tego następnego miesiąca, przepisów wewnątrzzakładowych czy też samej umowy, które mogą zawierać inny – wcześniejszy termin wypłaty wynagrodzenia np. ostatniego dnia roboczego danego miesiąca). Jeżeli pracodawca w tym terminie wynagrodzenia nie wypłaci (postawi do dyspozycji pracownika), będzie ono u niego kosztem uzyskania przychodu dopiero w miesiącu jego wypłaty (postawienia do dyspozycji).

Należy przy tym pamiętać, że powyższe reguły mają jedynie zastosowanie do wynagrodzeń z tytułów określonych w art. 12 ust. 1 i 6 updof, tj. przychodów ze stosunku pracy i pokrewnych oraz zasiłków pieniężnych z ubezpieczenia społecznego wypłacanych przez zakład pracy. Pozostałe wynagrodzenia (wypłacane np. z tytułu umów zleceń czy o dzieło) są odnoszone w ciężar kosztów z chwilą ich faktycznej wypłaty.

Bardziej zawiłe są przepisy w zakresie uznawania za koszty uzyskania przychodów składek ZUS w części finansowanej przez pracodawcę od wynagrodzeń, do których ma zastosowanie wskazany wyżej art. 22 ust. 6ba updof. Otóż zgodnie z art. 22 ust. 6bb updof składki z tytułu tych należności określone w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, w części finansowanej przez płatnika składek, składki na Fundusz Pracy oraz Fundusz Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych stanowią koszty uzyskania przychodów w miesiącu, za który należności te są należne, pod warunkiem że składki zostaną opłacone:

1. z tytułu należności wypłacanych lub postawionych do dyspozycji w miesiącu, za który są należne - w terminie wynikającym z odrębnych przepisów
2. z tytułu należności wypłacanych lub postawionych do dyspozycji w miesiącu następnym, w terminie wynikającym z przepisów prawa pracy, umowy lub innego stosunku prawnego łączącego strony - nie później niż do 15 dnia tego miesiąca.

W przypadku uchybienia tym terminom, składki te stają się kosztem uzyskania przychodu w chwili ich faktycznej zapłaty.