Oprócz samego dokumentu prawodawca zawarł stosowne przepisy normujące, jak korektę taką należy rozliczyć podatkowo. Poniżej skupimy się na skutkach w podatku VAT powstałych w wyniku otrzymania takiego dokumentu przez nabywcę towaru bądź usługi.

Podstawowa reguła w tym zakresie znalazła się w art. 86 ust. 10a ustawy o VAT. Zgodnie z tym przepisem jeżeli nabywca towaru lub usługi otrzymał korektę faktury, o której mowa w art. 29 ust. 4a lub 4c (czyli zmniejszającą wartość podatku wynikającą z faktury pierwotnej), jest on obowiązany do zmniejszenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym tę korektę faktury otrzymał. Gdyby jednak nie obniżył on jeszcze kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego określonego w fakturze, której korekta dotyczy, a prawo do takiego obniżenia mu przysługuje, zmniejszenie kwoty podatku naliczonego (wynikające z faktury korygującej) jest on obowiązany uwzględnić w rozliczeniu za okres, w którym dokonuje tego obniżenia z faktury pierwotnej.

Przykład 1
W październiku 2010 r. podatnik otrzymał fakturę VAT, z której odliczył podatek naliczony. Następnie w listopadzie 2010 r. otrzymał do niej fakturę korygującą zmniejszającą podatek wykazany na fakturze pierwotnej. Korektę tę jest on obowiązany uwzględnić w rejestrach oraz deklaracji VAT za listopad

Przykład 2
W październiku 2010 r. podatnik otrzymał fakturę VAT, z której podatek naliczony zamierza odliczyć dopiero w grudniu 2010 r. W listopadzie 2010 r. do faktury tej otrzymał fakturę korygującą. Ponieważ podatek z faktury pierwotnej uwzględni on dopiero w rejestrach i deklaracji za grudzień – w miesiącu tym rozliczy także fakturę korygującą do niej wystawioną.

Inaczej jest w przypadku faktur korygujących zwiększających wartości i kwoty podatku z faktur pierwotnych. Te nie doczekały się w ustawie o podatku od towarów i usług odrębnych regulacji. Nie można przy tym stosować do nich zasad wskazanych wyżej.

W praktyce powyższe oznacza, że takie faktury korygujące rozlicza się na identycznych zasadach jak zwykłe faktury VAT. Co do zasady zatem podatnik faktury takie rozliczy w deklaracji za okres, w którym je otrzymał bądź za jeden z dwóch kolejnych okresów rozliczeniowych. Jeżeli natomiast korekta taka będzie dotyczyła zakupu tzw. usług powszechnych (prąd, woda, gaz, usługi telekomunikacyjne itp.), o terminie jej rozliczenia będzie przesądzał zawarty na niej termin płatności.

Przykład 3
Podatnik otrzymał fakturę VAT na zakup towarów w październiku 2010 r., którą ujął w rejestrach oraz deklaracji VAT za ten miesiąc. Następnie w listopadzie 2010 r. otrzymał do niej fakturę korygującą, która zwiększała podatek wykazany na fakturze pierwotnej. Korektę tę podatnik może rozliczyć w miesiącu listopadzie – grudniu 2010 r. bądź styczniu 2011 r.