Rozpatrzmy następującą sytuację: W deklaracji VAT-7 za kwiecień 2010 r. podatnik wykazał nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w podstawowym terminie. Jednocześnie posiada zaległość podatkową w podatku dochodowym od osób fizycznych, wynikającą z zeznania rocznego za rok 2009 (PIT-36L). Czy urząd skarbowy zaliczy kwotę zwrotu na poczet tej zaległości podatkowej? Czy powyższe wpłynie na termin oddania pozostałej części zwrotu?

Zgodnie z art. 87 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług, w przypadku gdy kwota podatku naliczonego przysługującego do odliczenia jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy. To, który wariant wybierze, zależy tylko i wyłącznie od niego. Zasady zwrotu tego podatku regulują kolejne przepisy art. 87 ustawy o VAT.

I tak, zwrot różnicy podatku następuje co do zasady w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazane w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach. W zależności od zaistniałej sytuacji, tudzież spełnienia dodatkowych warunków termin zwrotu może wynosić ponadto także 25 lub 180 dni. Jeżeli jednak zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanego w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, urząd skarbowy wypłaca podatnikowi należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.

Art. 76 ust. 1 Ordynacji podatkowej mówi z kolei, że nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę określonych w decyzji, oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.

Z przytoczonego przepisu wynika zatem, że jeżeli podatnik posiada zaległości podatkowe, nadpłata podatku w pierwszej kolejności zostanie zaliczona na ich pokrycie. Dopiero pozostała jej część (o ile wystąpi), może być podatnikowi zwrócona. Należy jednak w tym miejscu pamiętać, że nadpłata podatku nie jest równoznaczna z pojęciem zwrotowi podatku. Zwrot podatku w art. 3 Ordynacji podatkowej został bowiem oddzielnie zdefiniowany jako zwrot różnicy podatku lub zwrot podatku naliczonego w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług, a także inne formy zwrotu podatku przewidziane w przepisach prawa podatkowego.

Za nadpłatę natomiast uważa się kwotę:
1) nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku;
2) podatku pobraną przez płatnika nienależnie lub w wysokości większej od należnej;
3) zobowiązania zapłaconego przez płatnika lub inkasenta określonego w stosownej decyzji, jeżeli określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej;
4) zobowiązania zapłaconego przez osobę trzecią lub spadkobiercę, jeżeli w decyzji o ich odpowiedzialności podatkowej lub decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego spadkodawcy określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej.

Mimo to jednak organ podatkowy zwrot w podatku VAT w pierwszej kolejności zaliczy na poczet istniejących zaległości podatkowych podatnika. Art. 76b Ordynacji podatkowej mówi bowiem, że przepisy art. 76, art. 76a, art. 77b i art. 80 stosuje się odpowiednio do zwrotu podatku. Zaliczenie takiego zwrotu na poczet zaległości podatkowej następuje z dniem złożenia deklaracji wykazującej zwrot podatku.

Z uwagi na wystąpienie zaległości podatkowych organ podatkowy nie może jednak wydłużyć terminu zwrotu podatku VAT w pozostałej części.