Szczegółowe regulacje, w zakresie odliczania podatku od towarów i usług w przypadku działalności mieszanej, znalazły się w art. 90-91 ustawy o VAT. Ustawodawca wskazał w nich m.in. że w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. Jeżeli jednak nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, o których mowa wyżej, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.

Proporcję, o której mowa wyżej, ustala się z kolei (z pewnymi wyjątkami) jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo. W trakcie danego roku stosuje się proporcję ustaloną na podstawie obrotu roku ubiegłego.

Ustalenie proporcji na podstawie obrotu roku ubiegłego nie zawsze jednak jest możliwe. Podatnik może bowiem dopiero w danym roku działalność rozpocząć, a co za tym idzie, w poprzednim roku obrót z tytułu prowadzonej działalności gospodarczej nie wystąpił (jako że ta nie była prowadzona). Ustawodawca zabezpieczając się przed tego typu sytuacjami w art. 90 ust. 8 ustawy o VAT wskazał, że podatnicy, którzy w poprzednim roku podatkowym nie osiągnęli niezbędnego obrotu lub u których obrót ten w poprzednim roku podatkowym był niższy niż 30 000 zł, do obliczenia kwoty podatku naliczonego podlegającej odliczeniu od kwoty podatku należnego przyjmują proporcję wyliczoną szacunkowo, według prognozy uzgodnionej z naczelnikiem urzędu skarbowego, w formie protokołu.

Warto jednak podkreślić, że wskazany wyżej wyjątek ma zastosowanie jedynie w sytuacjach w tym przepisie wskazanych. Co za tym idzie, proporcję szacunkową można ustalić jedynie wówczas, gdy w ubiegłym roku nie wystąpił obrót w ogóle bądź też w określonej minimalnej wysokości. Powyższego nie należy jednak utożsamiać z sytuacją, w której podatnik w roku ubiegłym prowadził działalność gospodarczą (mieszaną), lecz korzystał ze zwolnienia z podatku VAT określonego w art. 113 (czyli zwolnienia z uwagi na obroty przewidzianego dla drobnych przedsiębiorców), a obecnie ze zwolnienia tego rezygnuje bądź też traci do niego prawo.

W takim bowiem przypadku podatnik prowadzi działalność opodatkowaną i zwolnioną z podatku VAT, z tym że korzysta z dodatkowego zwolnienia, dzięki czemu podatku tego rozliczać nie musi. Powstał jednak obrót, na podstawie którego możliwe jest określenie wysokości proporcji. Podatnik powinien tutaj wyodrębnić sprzedaż korzystającą ze zwolnienia przedmiotowego od sprzedaży, która byłaby opodatkowana, gdyby nie korzystał on ze zwolnienia podmiotowego (określonego w art. 113 ustawy o VAT).

Warto pamiętać o jeszcze jednej sytuacji, w której ustawodawca pozwala na ustalenie proporcji szacunkowej. Otóż art. 90 ust. 8 ustawy o VAT wskazuje, iż zasady określania proporcji szacunkowej stosuje się także wówczas, gdy podatnik uzna, że w odniesieniu do niego kwota obrotu brana pod uwagę przy ustalaniu proporcji VAT byłaby niereprezentatywna.