Analizując opodatkowanie podatkiem VAT refakturowania kosztów mediów przez wynajmującego na najemcę należy zwrócić uwagę, iż począwszy od dnia 1 kwietnia 2011 r. weszła w życie nowelizacja art. 29 ust. 1 ustawy o VAT. Powyższa zmiana przepisów wynika z ustawy z dnia 25 lutego 2011 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług. W wyniku wskazanej zmiany przepisów obrotem z tytułu dokonanej sprzedaży (w tym m. in. świadczenia usług) jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Jednocześnie kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy lub osoby trzeciej. Zgodnie z tą regulacją każdy koszt bezpośrednio związany z dostawą towarów lub świadczeniem usług, którym sprzedawca obciążył nabywcę powinien być włączony do podstawy opodatkowania. Zasada włączenia tych świadczeń do podstawy opodatkowania oznacza, że wartości tego typu kosztów, których ciężar przerzucany jest na nabywcę, nie wykazuje się jako odrębnego świadczenia, lecz traktuje jako element świadczenia zasadniczego, z zastosowaniem stawki podatku właściwej dla świadczenia zasadniczego.

Opisywana nowelizacja przepisów stanowi implementację art. 73 oraz 78 Dyrektywy 112. W tym miejscu należy zaznaczyć, że stosownie do art. 73 Dyrektywy 112, podstawą opodatkowania jest wszystko, co stanowi wynagrodzenie (zapłatę), które dostawca towarów lub świadczący usługi otrzymał lub ma otrzymać od nabywcy, klienta lub osoby trzeciej z tytułu wykonanych czynności, łącznie z subwencjami związanymi bezpośrednio z ceną takich dostaw. Natomiast jak stanowi art. 78 Dyrektywy 112 podstawa opodatkowania obejmuje również podatki, opłaty i podobne należności z wyłączeniem podatku od wartości dodanej. Zgodnie tym samym przepisem Dyrektywy podstawa opodatkowania obejmuje dodatkowe koszty, takie jak prowizje, koszty opakowania, transportu i ubezpieczenia, którymi dostawca obciąża nabywcę lub klienta. Przy czym Państwa Członkowskie mogą uznać za dodatkowe koszty wydatki będące przedmiotem odrębnej umowy.

Tym samym w porównaniu do stanu prawnego, który obowiązywał do dnia 1 kwietnia 2011 r. wynagrodzenie z tytułu zawieranych przez wynajmującego umów najmu należy traktować w sposób szeroki, obejmujący również wszelkie koszty związane z eksploatacją wynajmowanych lokali. Z racji nowelizacji art. 29 ust. 1 ustawy o VAT bez znaczenia pozostanie regulacja umowna w zakresie zawartych dotychczas przez wynajmującego umów najmu. Zatem nawet w przypadku gdy umowy przewidywały, że kwota czynszu najmu obejmuje jedynie wynagrodzenie za najem nieruchomości, natomiast tzw. media zostaną rozliczone w odrębny sposób, poprzez ich refakturowanie przez wynajmującego na najemcę, zapis ten nie będzie umożliwiał opodatkowanie w sposób odrębny mediów. Mając na uwadze powyższe należy podkreślić, iż w obecnym stanie prawnym koszty mediów powinny stanowić element wynagrodzenia usługi najmu, a tym samym podlegać opodatkowaniu podatkiem VAT według stawki właściwej dla usługi najmu, czyli w przypadku wynajmu lokali użytkowych w wysokości 23%.