Generalna zasada określenia miejsca opodatkowania WNT została określona w art. 25 ust. 1 ustawy o VAT. Otóż wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów uznaje się za dokonane na terytorium państwa członkowskiego, na którym towary znajdują się w momencie zakończenia ich wysyłki lub transportu i w tym państwie podlegają opodatkowaniu. Jeżeli zatem towar jest transportowany z Francji do Polski, to w Polsce co do zasady należy go opodatkować.

Na tym jednak nie koniec. Art. 25 ust. 2 ustawy o VAT stanowi bowiem, że jeżeli przy wewnątrzwspólnotowym nabyciu towarów ich nabywca podał numer przyznany mu przez dane państwo członkowskie dla celów transakcji wewnątrzwspólnotowych inne niż państwo członkowskie, na którym towary znajdują się w momencie zakończenia ich wysyłki lub transportu, wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów uznaje się za dokonane równocześnie na terytorium tego państwa członkowskiego (czyli obowiązek opodatkowania występuje na terytorium dwóch krajów), chyba że nabywca udowodni, że wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów:

1. zostało opodatkowane na terytorium państwa członkowskiego, na którym towary znajdują się w momencie zakończenia ich wysyłki lub transportu, lub
2. zostało uznane za opodatkowane na terytorium państwa członkowskiego, na którym towary znajdują się w momencie zakończenia ich wysyłki lub transportu, ze względu na zastosowanie procedury uproszczonej w wewnątrzwspólnotowej transakcji trójstronnej. Jeżeli w tym przypadku nabywcą jest podatnik prowadzący działalność gospodarczą, wyłączenie to stosuje się pod warunkiem wykazania przez niego powyższej czynności, w ramach transakcji trójstronnej w informacji podsumowującej (art. 26 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT)

Ustawodawca odrębnie uregulował ponadto przypadek, w którym to wewnątrzwspólnotowego nabycia dokona podatnik lub osoba prawna niebędąca podatnikiem, którzy nie podali dla tej transakcji zgodnie z art. 97 ust. 10, numeru identyfikacji podatkowej poprzedzonego kodem PL. Art. 26 ust. 1 pkt 2 mówi, że w takiej sytuacji WNT uznaje się za dokonane na terytorium kraju.

Co za tym idzie polski podatnik, który nie podał unijnego numeru NIP dla danej transakcji, w związku z czym unijny dostawca naliczył od niej podatek od wartości dodanej w swoim kraju, musi potraktować ją jak wewnątrzwspólnotowe nabycie towaru w Polsce, a więc także i tu je opodatkować.

Powyższe nie ma zastosowania jedynie gdy nabywca dla wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów podał numer przyznany mu na potrzeby tych transakcji na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju, o ile miejsce zakończenia wysyłki lub transportu towarów nie znajduje się na terytorium kraju (art. 26 ust. 2 ustawy o VAT).