Art. 20 ust. 5 ustawy o podatku od towarów i usług mówi, że w wewnątrzwspólnotowym nabyciu towarów obowiązek podatkowy powstaje 15. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym dokonano dostawy towaru będącego przedmiotem wewnątrzwspólnotowego nabycia. Jeżeli jednak przed tym terminem podatnik podatku od wartości dodanej wystawił fakturę, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury (art. 20 ust. 6 ustawy o VAT).

Zdaniem autora chodzi tutaj o datę wystawienia oryginału takiej faktury, a nie datę wystawienia jej duplikatu. Przytoczony wyżej art. 20 ust. 6 mówi bowiem o dacie wystawienia faktury przez podatnika podatku od wartości dodanej. Ponadto nawet w sytuacji, gdy polski podatnik nie otrzyma takiej faktury, i tak musi wykazać obowiązek podatkowy z tytułu WNT 15. dnia miesiąca następującego po tym, w którym dokonano dostawy towaru będącego przedmiotem WNT.

Z kolei w przypadku podatku naliczonego, w art. 86 ust. 10 pkt 2 ustawy o VAT ustawodawca wskazał, że w stosunku do wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów prawo do obniżenia kwoty podatku należnego powstaje tutaj w rozliczeniu za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy w podatku należnym u nabywcy. Także i tutaj ustawodawca nie uzależnia prawa do odliczenia od posiadania faktury dokumentującej WNT wystawionej przez podatnika od wartości dodanej.
Podatek naliczony z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towaru winien być wykazany w deklaracji za ten sam okres rozliczeniowy, co podatek należny lub względnie w deklaracji za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych (art. 86 ust. 11 ustawy o VAT).

Jak zatem powinien zachować się podatnik, do którego nie dotarła pierwotnie wystawiona faktura i wystąpił o jej duplikat?

Przede wszystkim należy pamiętać o regule ogólnej zawartej w art. 20 ust. 5 ustawy o VAT. Co za tym idzie, podatnik powinien tutaj wykazać VAT należny najpóźniej 15. dnia miesiąca następującego po tym, w którym miała miejsce dostawa będąca u niego przedmiotem WNT. Jeżeli jednak z otrzymanych z opóźnieniem dokumentów od kontrahenta (w tym duplikatu faktury) okazałoby się, że oryginał faktury został wystawiony przed tym dniem, obowiązek podatkowy z tytułu WNT powstanie w dniu jej wystawienia i podatnik będzie zobowiązany do skorygowania wcześniej złożonych deklaracji.