Politechnika w ramach prowadzonej działalności realizuje cele statutowe, których nie obejmuje ustawa o podatku VAT, takie jak kształcenie studentów studiów stacjonarnych, realizacja projektów badawczych i rozwojowych. Oprócz powyższych dokonuje ona także odpłatnej sprzedaży towarów i usług objętych tym podatkiem (kształci studentów studiów niestacjonarnych, zajmuje się sprzedażą wydawnictw). Co za tym idzie, politechnika wykonuje zarówno czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony (sprzedaż opodatkowana), czynności w związku, z którymi takie prawo nie przysługuje (sprzedaż zwolniona), jak i czynności niepodlegające przepisom ustawy o VAT.

Uczelnia ma jednak problem z ustaleniem prawa do odliczenia podatku naliczonego na postawie proporcji określonej w art. 90 ustawy o VAT w sytuacji, gdy dokonywane zakupy służą wszystkim wykonywanym przez nią czynnością i nie jest możliwe ich wyodrębnienie i przyporządkowanie do danego rodzaju działalności (opodatkowanej, zwolnionej, niepodlegającej opodatkowaniu VAT-em). Ze stosownym pytaniem wystąpiła zatem we wniosku i wydanie interpretacji.

W wydanej przez siebie interpretacji indywidualnej organ podatkowy stwierdził, że w przypadku zakupu, którego nie można jednoznacznie przypisać do określonego rodzaju działalności, wnioskodawcy przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego zawartego w cenie tylko w takiej części, w jakiej nabycie to wiąże się z czynnościami opodatkowanymi. Fiskus, opierając się na art. 86 ust. 1 i art. 90 ust. 1 i 2 ustawy o VAT stwierdził, że uczelnia winna tutaj stosować dwuetapowy podział podatku naliczonego. Najpierw z całości faktur należy wydzielić kwotę podatku naliczonego przypadającą na czynności nieodpłatne. Zdaniem organu podatkowego politechnika powinna przyporządkować w odpowiednich częściach podatek naliczony wynikający z faktur zakupu poszczególnym kategoriom swojej działalności w oparciu o miarodajny i uzasadniony klucz podziału. Następnie w odniesieniu do wydzielonych wydatków związanych z działalnością gospodarczą (zarówno opodatkowaną jak i zwolnioną), należy ustalić właściwa proporcję jako udział rocznego obrotu z działalności opodatkowanej w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu działalności gospodarczej opodatkowanej i zwolnionej. Prawo do odliczenia podatku nie przysługuje bowiem w stosunku do zakupów, które odnoszą się do czynności niepodlegających przepisom ustawy o VAT.

Politechnika nie zgodziła się ze stanowiskiem organów podatkowych i po wezwaniu do usunięcia naruszenia prawa skierowała sprawę do sądu. Ten uznał że skarga jest zasadna. WSA podkreślił, że spór pomiędzy organami podatkowymi a politechniką dotyczy tego, w jaki sposób należy rozliczać podatek naliczony związany zakupami służącymi zarówno czynnościom opodatkowanym, zwolnionym z opodatkowania, jak i czynnościom niepodlegającym przepisom ustawy o VAT, gdy jednocześnie nie jest możliwe wyodrębnienie zakupów, które związane są wyłącznie z działalnością opodatkowaną. Niestety sytuacja taka nie znajduje bezpośredniego uregulowania w przepisach podatkowych. W tej kwestii wypowiadały się już jednak sądy administracyjne. Można tutaj wymienić m.in. wyroku NSA z 8 stycznia 2010 r., sygn. akt I FSK 1605/08, w którym to sąd uznał, że użyte w ustawie sformułowanie „czynności w związku z którymi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku” należy rozumieć jako „czynności zwolnione od podatku”. W wyroku tym NSA uznał, że „(…) w przypadku podatku związanego tylko z czynnościami opodatkowanymi oraz z czynnościami niepodlegającymi podatkowi, podatnik nie stosuje odliczenia częściowego wedle proporcji, lecz odliczenie pełne. Wartość czynności niepodlegających w ogóle opodatkowaniu nie wchodzi bowiem do sumy wartości obrotów ustalanych dla potrzeb liczenia proporcji sprzedaży.(…)”

Ze stwierdzeniem tym zgodził się WSA w Białymstoku, który podkreślił, że jeżeli dokonywane przez podatnika zakupy dotyczą zarówno czynności opodatkowanych, zwolnionych z opodatkowania, jak i nieobjętych w ogóle przepisami VAT-owskimi oraz nie da się przyporządkować kwot podatku naliczonego wyłącznie do czynności opodatkowanych lub zwolnionych od opodatkowania, przy obliczaniu proporcji odliczenia podatku naliczonego nie uwzględnia się wartości czynności niepodlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. W przypadku zaś podatku naliczonego związanego tylko z czynnościami opodatkowanymi oraz z czynnościami niepodlegającymi podatkowi VAT, podatnik nie stosuje odliczenia częściowego wedle proporcji, lecz odliczenie pełne.