§18 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 4 kwietnia 2011 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług mówi, że w przypadku nabycia towarów i usług udokumentowanych fakturą oznaczoną zgodnie z odrębnymi przepisami jako "FAKTURA VAT-MP" podatnik może obniżyć kwotę podatku należnego o kwotę podatku naliczonego określoną w tej fakturze, w rozliczeniu za okres rozliczeniowy, w którym:
1) uregulował część należności na rzecz małego podatnika stosującego metodę kasową - w tej części;
2) uregulował w całości należność na rzecz małego podatnika stosującego metodę kasową;
3) przypada 90. dzień od dnia otrzymania towaru lub wykonania usługi, w przypadkach innych niż określone w pkt 1 i 2.

Co za tym idzie podatnik, przy określeniu kiedy przysługuje mu prawo do odliczenia podatku VAT z faktury oznaczonej jako faktura VAT-MP, w pierwszej kolejności musi wziąć pod uwagę datę zapłaty zobowiązania z niej wynikającego. Jeżeli ta nie nastąpi w terminie 90 dni licząc od dnia otrzymania towaru tudzież wykonania usługi, prawo do odliczenia podatku powstaje tego 90. dnia.

Ust. 2 przytoczonego przepisu mówi, że zasada ta nie ma zastosowania do małych podatników rozliczających się wg metody kasowej, którzy podatek VAT mogą odliczyć w rozliczeniu za kwartał, w którym dokonali zapłaty zobowiązania wynikającego z takiej faktury.

Ustawodawca nie uregulował jednak odrębnie sposobu postępowania w przypadku otrzymania korekty takiej faktury. Co za tym idzie, zasadne wydaje się stosowanie tutaj regulacji ogólnych dotyczących rozliczania korekt faktur przez nabywców. Konieczne jest zatem rozgraniczenie tych faktur na te, które zwiększają kwotę podatku naliczonego w stosunku do faktury pierwotnej oraz na te, które kwotę tę zmniejszają.

Faktury korygujące zmniejszające kwotę podatku
Sposób rozliczenia podatku z drugich ze wskazanych został określony w art. 86 ust. 10a ustawy o VAT: w przypadku gdy nabywca towaru lub usługi otrzymał taką korektę faktury, jest on obowiązany do zmniejszenia kwoty podatku naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym tę korektę faktury otrzymał. Jeżeli jednak podatnik nie obniżył kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego określonego w fakturze, której korekta dotyczy, a prawo do takiego obniżenia mu przysługuje, zmniejszenie kwoty podatku naliczonego uwzględnia się w rozliczeniu za okres, w którym podatnik dokonuje tego obniżenia.

Tym samym podatnik, który otrzymał korektę faktury VAT-MP zmniejszającą wartości z faktury pierwotnej, z której to odliczył już podatek, będzie zobowiązany do zmniejszenia podatku naliczonego zgodnie z otrzymaną korektą w rozliczeniu za okres, w którym korektę tę otrzymał.

Gdyby natomiast podatek VAT z faktury pierwotnej jeszcze nie został odliczony (jako że podatnik nie dokonał jeszcze zapłaty), faktura korygująca zostanie uwzględniona w rozliczeniu za okres, w którym podatnik dokona odliczenia podatku wynikającego z faktury pierwotnej.

Faktury korygujące zwiększające kwotę podatku
Powyższe zasady mają jednak zastosowanie jedynie w przypadku, gdy faktura korygująca zmniejsza wartości (in minus) z faktury pierwotnej. Może jednak wystąpić sytuacja odwrotna, czyli ich zwiększenie (in plus). Ustawodawca nie zamieścił w przepisach odrębnych regulacji, jak postępować w takim przypadku. Tym samym, zdaniem autora, tego typu faktury korygujące należy traktować tak samo, jak zwykłe faktury i rozliczać wg tych samych zasad. Tym samym w przypadku faktur korygujących VAT-MP in plus należy tutaj stosować opisany wyżej §18 ust. 1 rozporządzenia w sprawie VAT.