Art. 2 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (dalej updof) mówi, że przepisów tej ustawy nie stosuje się do przychodów z działalności rolniczej, z wyjątkiem przychodów z działów specjalnych produkcji rolnej. Bardzo podobny przepis można znaleźć w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej updop), która to w art. 2 ust. 1 pkt 1 mówi, że jej przepisów nie stosuje się do przychodów z działalności rolniczej, z wyjątkiem dochodów z działów specjalnych produkcji rolnej, chyba że ustalenie przychodów jest wymagane dla celów określenia dochodów wolnych od podatku dochodowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4e.

Działalność rolnicza to z kolei działalność polegająca na wytwarzaniu produktów roślinnych lub zwierzęcych w stanie nieprzetworzonym (naturalnym) z własnych upraw albo hodowli lub chowu, w tym również produkcja materiału siewnego, szkółkarskiego, hodowlanego oraz reprodukcyjnego, produkcja warzywnicza gruntowa, szklarniowa i pod folią, produkcja roślin ozdobnych, grzybów uprawnych i sadownicza, hodowla i produkcja materiału zarodowego zwierząt, ptactwa i owadów użytkowych, produkcja zwierzęca typu przemysłowo-fermowego oraz hodowla ryb, a także działalność, w której minimalne okresy przetrzymywania zakupionych zwierząt i roślin, w trakcie których następuje ich biologiczny wzrost są nie mniejsze, aniżeli wskazane w ustawie.

Ponieważ przychody z działalności rolniczej są wyłączone spod opodatkowania podatkiem dochodowym, w ten sam sposób winny być traktowane odszkodowania otrzymane w związku z tą działalnością. Niestety w dalszych przepisach updof ustawodawca przewidział pewne zwolnienie, które poddaje w wątpliwość powyższe rozumowanie.

Otóż w art. 21 ust. 1 pkt 120 updof znalazł się zapis, który mówi że zwalnia się od tego podatku odszkodowania wypłacone, na podstawie wyroków sądowych i zawartych umów (ugód), posiadaczom gruntów wchodzących w skład gospodarstwa rolnego, z tytułu:
a) ustanowienia służebności gruntowej,
b) rekultywacji gruntów,
c) szkód powstałych w uprawach rolnych i drzewostanie
- w wyniku prowadzenia na tych gruntach, przez podmioty uprawnione na podstawie odrębnych przepisów, inwestycji dotyczących budowy infrastruktury przesyłowej ropy naftowej i produktów rafinacji ropy naftowej oraz budowy urządzeń infrastruktury technicznej, o których mowa w art. 143 ust. 2 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami.

Tym samym należy przyjąć, że ustawodawca w podatku dochodowym od osób fizycznych uznał, że odszkodowań wyżej wymienionych nie zalicza się do dochodów z działalności rolniczej. Gdyby bowiem uznać inaczej, powyższe zwolnienie byłoby bezprzedmiotowe, jako że przychody z działalności rolniczej w ogóle nie podlegają przepisom tejże ustawy.

Przytoczonego zwolnienia ustawodawca nie ujął jednak w przepisach ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Dodajmy w tym miejscu, że definicja działalności rolniczej w obydwu ustawach jest taka sama. W związku z tym rodzi się tutaj wątpliwość, czy tego typu odszkodowania na gruncie podatku dochodowego od osób prawnych, jako że nie wchodzą w skład dochodów z działalności rolniczej oraz nie korzystają ze zwolnienia, należy opodatkować? Zgodnie z wykładnią systemową należałoby uznać że tak. Tym samym w zależności od tego, kto jest beneficjentem takiego odszkodowania, może od niego wystąpić podatek dochodowy.