I tak nadwyżka w podatku VAT może zostać zaliczona na poczet przyszłych zobowiązań w tym podatku, ale nie tylko. Zgodnie z wolą podatnika przedmiotowa nadwyżka może pokryć m.in. zobowiązania w podatku dochodowym (w zakresie zaliczek od dochodu z prowadzonej działalności, tudzież należnego ryczałtu). Powyższe następuje na wniosek podatnika. W ten sposób można zagospodarować wykazaną nadwyżką do zwrotu w całości lub w części. Sytuacja ta się jednak komplikuje w przypadku wspólników spółki osobowej (cywilnej czy też jawnej). W podatku VAT bowiem podatnikiem jest spółka, zaś na gruncie podatku dochodowego należny ryczałt od przychodów ewidencjonowanych czy też zaliczki na podatek dochodowy płacą wspólnicy.

W takiej sytuacji brak jest podstaw prawnych, aby nadpłata podatku lub też zwrot różnicy podatku rozliczane były pomiędzy różnymi podatnikami. Co za tym idzie, zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym powstałej w podatku od towarów i usług podatnika będącego spółką np. jawną, nie może zostać przeksięgowany na zobowiązania podatników będących wspólnikami tejże spółki w podatku dochodowym.

Orzekł tak m.in. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 11 maja 2011 r., sygn. akt II FSK 23/10.

W rozpatrywanej sprawie spółka złożyła wniosek do urzędu skarbowego o przeksięgowanie nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanego w deklaracji VAT-7 za miesiąc lipiec na poczet zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych wspólników tej spółki za miesiąc sierpień. Organ podatkowy odmówił wspólnikom spółki jawnej zaliczenia zwrotu podatku VAT na poczet ich zaliczek na podatek dochodowy. Jego zdaniem (zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT) zaliczenie zwrotu podatku od towarów i usług przysługującego spółce jawnej na poczet oddzielnych zobowiązań wspólników tej spółki jest niedopuszczalne. Wspólnicy spółki są bowiem innymi podatnikami (podatku dochodowego) niż spółka jawna będąca podatnikiem podatku VAT, która nabyła prawo do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym.

Podobnie stwierdził organ II instancji jak i WSA, który także zgodził się z fiskusem. Spółka złożyła skargę kasacyjną do NSA. Ten jednak również podzielił zdanie sądu pierwszej instancji oraz organów podatkowych.

Sąd podkreślił, że zgodnie z wykładnią językową art. 87 ust. 1 i 2 ustawy o VAT, prawo do zwrotu różnicy podatku przysługuje wyłącznie uprawnionemu podatnikowi VAT. Przepisy nie dopuszczają tutaj możliwości, aby unormowany w nich zwrot podatku mógł zostać wykonany na rzecz innego podatnika. Do podobnych wniosków można dojść stosując wykładnię celowościową. Należy bowiem pamiętać, że spółka jawna, jako podatnik VAT, i jej wspólnicy – będący podatnikami podatku dochodowego od osób fizycznych, nie są tym samym podatnikiem na obszarze tego samego podatku. Celem przytoczonych regulacji jest natomiast zwrot podatku podatnikowi VAT w celu realizacji zasady neutralności VAT. Celu tego z całą pewnością nie stanowi przeniesienie zwrotu różnicy podatku na zobowiązania podatkowe innych podatników.

Zdaniem NSA dopiero w przypadku otrzymania zwrotu podatku VAT przez spółkę, wspólnicy mogą przeznaczyć ten zwrot na określony cel, w tym np. na zapłatę zobowiązań podatkowych w innych podatkach.