Art. 28b ustawy o VAT, którego to reguły należy stosować w przypadku m.in. usług transportowych, mówi, że miejscem świadczenia usług na rzecz podatnika jest miejsce, w którym podatnik będący usługobiorcą posiada siedzibę działalności gospodarczej. Jednakże w przypadku gdy usługi są świadczone dla stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej podatnika, które znajduje się w innym miejscu niż jego siedziba działalności gospodarczej, miejscem świadczenia tych usług jest to stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej. Gdyby natomiast podatnik będący usługobiorcą nie posiadał siedziby działalności gospodarczej lub stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej, miejscem świadczenia usług jest miejsce, w którym posiada on stałe miejsce zamieszkania lub zwykłe miejsce pobytu.

Zasada ta ma zastosowanie w każdym przypadku świadczenia usług transportu towarów jeśli usługobiorcą jest podatnik. Nie ma tutaj natomiast znaczenia to, czy są to usługi krajowe, międzynarodowe czy wewnątrzwspólnotowe. Ważne jest zatem, którego kraju podatnikiem jest nabywca. Co za tym idzie, świadcząc takie usługi np. dla podatnika francuskiego, miejscem ich opodatkowania będzie Francja. Z kolei usługi świadczone dla podatnika Polskiego będą opodatkowane na zasadach krajowych.

Ustawodawca przewidział jednak pewien wyjątek od reguły, który od 01 lipca 2011 r. znajduje się w art. 28f ust. 1a ustawy o VAT. Otóż miejscem świadczenia usług transportu towarów na rzecz podatnika:
1) posiadającego na terytorium kraju siedzibę działalności gospodarczej, stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej, dla którego są świadczone te usługi, a w przypadku braku takiej siedziby działalności gospodarczej lub stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej posiadającego na terytorium kraju stałe miejsce zamieszkania albo zwykłe miejsce pobytu, jeżeli transport ten jest wykonywany w całości poza terytorium Unii Europejskiej, jest terytorium znajdujące się poza terytorium Unii Europejskiej;
2) posiadającego na terytorium państwa trzeciego siedzibę działalności gospodarczej, stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej, dla którego są świadczone te usługi, a w przypadku braku takiej siedziby działalności gospodarczej lub stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej posiadającego na terytorium państwa trzeciego stałe miejsce zamieszkania albo zwykłe miejsce pobytu, jeżeli transport ten jest wykonywany w całości na terytorium kraju, jest terytorium kraju.

Zgodnie z pkt 1 zatem w przypadku usług transportowych świadczonych na rzecz kontrahenta polskiego, ale które w całości odbywają się na terytorium krajów trzecich (np. Szwajcaria), ich miejscem opodatkowania jest kraj, w którym transport faktycznie się odbywa.

Pkt 2 przewiduje sytuację odwrotną, tj. taką, w której usługi transportowe odbywają się na terytorium Polski, zaś ich nabywcą jest podatnik z kraju trzeciego. W takim przypadku transport należy opodatkować w Polsce.

Usługi transportu towarów, których miejscem świadczenia jest terytorium Polski (czyli przede wszystkim świadczone na rzecz krajowych kontrahentów), są co do zasady opodatkowane podstawową stawką podatku VAT (transport krajowy i wewnątrzwspólnotowy). W przypadku transportu międzynarodowego towarów obowiązuje jednak stawka 0% (art. 83 ust. 1 pkt 23 ustawy o VAT). To, kiedy mamy do czynienia z takim rodzajem transportu, ustawodawca wskazał w art. 83 ust. 3 pkt 1 ustawy o VAT. Rozumie się przez niego przewóz lub inny sposób przemieszczania towarów:
a) z miejsca wyjazdu (nadania) na terytorium kraju do miejsca przyjazdu (przeznaczenia) poza terytorium Unii Europejskiej,
b) z miejsca wyjazdu (nadania) poza terytorium Unii Europejskiej do miejsca przyjazdu (przeznaczenia) na terytorium kraju,
c) z miejsca wyjazdu (nadania) poza terytorium Unii Europejskiej do miejsca przyjazdu (przeznaczenia) poza terytorium Unii Europejskiej, jeżeli trasa przebiega na pewnym odcinku przez terytorium kraju (tranzyt),
d) z miejsca wyjazdu (nadania) na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju do miejsca przyjazdu (przeznaczenia) poza terytorium Unii Europejskiej lub z miejsca wyjazdu (nadania) poza terytorium Unii Europejskiej do miejsca przyjazdu (przeznaczenia) na terytorium państwa członkowskiego inne niż terytorium kraju, jeżeli trasa przebiega na pewnym odcinku przez terytorium kraju

Aby jednak móc zastosować stawkę podatku przewidzianą dla transportu międzynarodowego, podatnik musi posiadać stosowne dokumenty potwierdzające, że taki transport miał miejsce. Zostały one określone w art. 83 ust. 5 ustawy o VAT: