Art. 113 ust. 5 i ust. 7 ustawy o VAT mówią m.in., że za zgodą naczelnika urzędu skarbowego podatnik korzystający ze zwolnienia podmiotowego, który z niego zrezygnował bądź utracił do niego prawo, może pomniejszyć kwotę podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wynikającą z dokumentów celnych oraz o kwotę podatku zapłaconą od wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, a także o kwoty podatku naliczonego wynikające z faktur dokumentujących zakupy dokonane przed dniem utraty zwolnienia, pod warunkiem:
1) sporządzenia spisu z natury zapasów tych towarów posiadanych w dniu, w którym nastąpiło przekroczenie kwoty obrotu powodującego utratę prawa do zwolnienia lub rezygnacji z tego zwolnienia, oraz
2) przedłożenia w urzędzie skarbowym tego spisu w terminie 14 dni, licząc od dnia utraty zwolnienia.

W przypadku rezygnacji z tego zwolnienia podatnik musi także zawiadomić na piśmie naczelnika urzędu skarbowego o tej rezygnacji przed początkiem miesiąca, w którym ze zwolnienia rezygnuje.

W praktyce pojawiają się wątpliwości, czy w spisie tym należy ująć jedynie towary handlowe, czy także wyposażenie i środki trwałe? Organy podatkowe stoją tutaj na stanowisku, że spisem winny być objęte jedynie towary zakupione do dalszej odsprzedaży. Rodzi się zatem dodatkowe pytanie, co ze środkami trwałymi i wyposażeniem? Czy w stosunku do nich odzyskanie nieodliczonego podatku także jest możliwe?

Taką sprawą zajął się m.in. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji indywidualnej z dnia 16.12.2009 r. nr IPPP3/443-924/09-2/KT. Czytamy w niej, że w stosunku do takich składników majątku może być wykorzystana instytucja korekty podatku, o której mowa w art. 91 ustawy o VAT.

Co powyższe oznacza dla podatników? Odzyskanie części, a niekiedy nawet i całości podatku zapłaconego przy nabyciu tychże składników majątku przed utratą/rezygnacją ze zwolnienia podmiotowego.

Otóż w przypadku środków trwałych o wartości początkowej przekraczającej 15 000 zł okres korekty podatku przewidziany w art. 91 ustawy o VAT wynosi 5 lat, a w odniesieniu do nieruchomości 10 lat licząc od roku, w którym zostały one oddane do używania. W stosunku do tych środków trwałych za każdy rok pozostający do końca okresu korekty podatnik będzie mógł odliczać odpowiednio 1/5 lub (w przypadku nieruchomości) 1/10 kwoty podatku przysługującej do odliczenia, wynikającej z faktur zakupu. Korektę taką za dany rok wykazuje się w deklaracji za pierwszy okres rozliczeniowy (miesiąc lub kwartał) kolejnego roku. Jeżeli zatem przykładowo podatnik zrezygnował ze zwolnienia w roku 2010, korekty podatku za ten rok dokona w deklaracji za styczeń albo I kwartał roku 2011.

Z kolei w odniesieniu do wyposażenia i środków trwałych o wartości początkowej nieprzekraczającej 15 000 zł, stosownej korekty nieodliczonego podatku dokonuje się w całości, o ile od końca okresu rozliczeniowego, w którym wydano je do używania, nie upłynęło 12 miesięcy. Korektę tę wykazuje się w pierwszej składanej deklaracji VAT. Jeżeli jednak okres, o którym mowa wyżej już upłynął, podatnik nie odzyska zapłaconego podatku przy ich nabyciu.

Przykład
Załóżmy, że w kwietniu 2009 r. podatnik korzystający ze zwolnienia podmiotowego nabył maszynę za 20 000 zł plus podatek VAT 4 400 zł. W lutym 2010 r. nabył inną maszynę, której cena zakupu wynosiła 10 000 zł plus 2 200 zł podatku VAT, zaś w sierpniu 2010 r. samochód ciężarowy za cenę netto 70 000 zł, podatek VAT 15 400 zł. W styczniu 2011 r. kupił kolejną maszynę za 8 000 zł, podatek VAT 1 840 zł. We wrześniu 2011 r. zrezygnował ze zwolnienia podmiotowego i poczynając od tego miesiąca rozlicza podatek VAT na zasadach ogólnych. W takim przypadku:

1. w stosunku do nabytej w kwietniu 2009 r. maszyny podatnik będzie miał prawo na zasadzie rocznej korekty odliczyć za lata 2011 – 2013 (skorygować można w sumie 3/5 kwoty podatku) nieodliczonego podatku VAT, czyli 1/5 x 4 400 = 880 zł na rok; pierwsza korekta zostanie wykazana w deklaracji za styczeń roku 2012, a ostatnia w deklaracji za styczeń 2014 r.
2. w stosunku do maszyny nabytej lutym 2010 r. prawo do korekty nie przysługuje
3. w stosunku do samochodu nabytego w sierpniu 2010 r. podatnik będzie miał prawo na zasadzie korekty odliczyć za lata 2011-2014 (skorygować można w sumie 4/5 kwoty podatku) nieodliczonego podatku VAT, czyli 1/5 x 15 400 zł = 3 080 zł na rok; pierwsza korekta zostanie wykazana w deklaracji za styczeń roku 2012, a ostatnia w deklaracji za styczeń 2015 r.
4. w stosunku do maszyny nabytej w styczniu 2011 r. podatnik wykaże całą kwotę nieodliczonego podatku, czyli 1 840 zł w deklaracji za wrzesień 2011 r., jako że nie upłynęło jeszcze 12 miesięcy od jej wydania do używania

W sumie podatnik będzie mógł odzyskać 3/5 x 4 400 zł + 4/5 x15 400 zł + 1 840 zł = 2 640 zł + 12 320 + 1 840 zł = 16 800 zł podatku naliczonego zawartego w cenie zakupu maszyn i pojazdów, które nabył będąc podatnikiem korzystającym ze zwolnienia podmiotowego