Analiza podatkowa
W świetle art. 353 § 1 KC strony, zawierając umowę, mogą ułożyć stosunek prawny według swego uznania, byleby jego treść lub cel nie sprzeciwiały się właściwości (naturze) stosunku, ustawie ani zasadom współżycia społecznego. Zatem strony mogą w sposób dowolny, poza ograniczeniami wskazanymi w zdaniu poprzednim, kształtować treść zawieranych umów (zasada swobody zawierania umów). Zgodnie z art. 535 KC przez umowę sprzedaży sprzedawca zobowiązuje się przenieść na kupującego własność rzeczy i wydać mu rzecz, a kupujący zobowiązuje się rzecz odebrać i zapłacić sprzedawcy cenę. Jednocześnie na mocy art. 555 KC przepisy o sprzedaży rzeczy stosuje się odpowiednio do sprzedaży energii oraz do sprzedaży praw. Umowa sprzedaży ma charakter konsensualny, odpłatny, wzajemny oraz zobowiązujący. Dochodzi do skutku w efekcie złożonych przez strony zgodnych oświadczeń woli. Przedmiotem świadczenia sprzedawcy jest przeniesienie własności rzeczy (prawa), a kupującego - zapłata ceny. Zatem jednym z zasadniczych elementów umowy sprzedaży jest cena. Należy jednak podkreślić, iż zgodnie z zasadą swobody zawierania umów, to strony w sposób dowolny ustają wysokość ceny, z tym jednak zastrzeżeniem, iż dokonane w tym zakresie ustalania nie mogą stać w sprzeczności z właściwością stosunku, ustawą ani z zasadami współżycia społecznego.

Mając zatem na uwadze powyższe należy stwierdzić, iż strony umowy sprzedaży udziałów mogą zgodnie z przepisami prawa ustalić cenę sprzedaży na poziomie kwoty niższej od ich wartości rynkowej. Warto również podkreślić, iż organ podatkowy nie ma kompetencji do zmiany treści stosunku prawnego przyjętego przez strony. Organ podatkowy, zgodnie z obowiązującym prawem, może jednak dla celów podatkowych (np. wymiarowych) przyjąć inną wartość ceny sprzedaży niż tą, którą strony określiły w umowie.

Ryzyko kupującego
W przypadku nabycia udziałów w spółce kapitałowej za cenę nabycia odbiegającą od wartości rynkowej, może wystąpić ryzyko po stronie nabywcy, u którego może powstać przychód z tytułu częściowo odpłatnego świadczenia (art. 11 ust. 2b u.p.d.o.f.). Organy podatkowe mogą bowiem argumentować, iż nabywca uzyskał korzyść majątkową, gdyż nabył po cenie zaniżonej majątek o znacznie większej wartości. W takiej sytuacji za dodatkowy dochód nabywcy może zostać uznana różnica pomiędzy wartością rynkową nabytej spółki, a ceną zakupu udziałów w nabywanym podmiocie.

Nierezydent jako nabywca udziałów
W świetle art. 3 ust. 2a. u.p.d.o.f. osoby fizyczne, jeżeli nie mają na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej miejsca zamieszkania, podlegają obowiązkowi podatkowemu tylko od dochodów (przychodów) osiąganych na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej (ograniczony obowiązek podatkowy).