Koszty uzyskania przychodów bezpośrednio związane z przychodami, poniesione w latach poprzedzających rok podatkowy oraz w roku podatkowym, stanowią koszt uzyskania przychodów co do zasady w tym roku podatkowym, w którym osiągnięte zostały odpowiadające im przychody (art. 15 ust. 4 updop). Koszty uzyskania przychodów inne niż koszty bezpośrednio związane z przychodami (tzw. koszty pośrednie), są potrącalne w dacie ich poniesienia. Jeżeli koszty te dotyczą okresu przekraczającego rok podatkowy, a nie jest możliwe określenie, jaka ich część dotyczy danego roku podatkowego, w takim przypadku stanowią koszty uzyskania przychodów proporcjonalnie do długości okresu, którego dotyczą (art. 15 ust. 4d updop).

Rozgraniczenie pomiędzy kosztami bezpośrednio związanymi z przychodami i tzw. kosztami pośrednimi może okazać się w praktyce bardzo trudne i jest uzależnione od specyfiki działalności danej spółki. Do klasycznych przykładów kosztów bezpośrednio związanych z przychodami można zaliczyć: koszty zakupu usług podwykonawców nabyte do realizacji zlecenia na rzecz zleceniodawcy. Do tzw. kosztów pośrednich, których nie można przypisać do danego okresu i tym samym podlegają one zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów jednorazowo w momencie poniesienia, należą w szczególności: koszty zakupów materiałów biurowych, których nie można przypisać do konkretnego okresu, koszty administracyjne itp. Do tzw. kosztów pośrednich, które można przypisać do konkretnego okresu, można zaliczyć m.in.: opłacony z góry koszt prenumeraty czasopism, koszty zawarcia polisy ubezpieczeniowej itp.

Błędne określenie momentu uznania danego wydatku za koszt uzyskania przychodów może mieć wpływ na przesunięcia dochodu do opodatkowania pomiędzy poszczególnymi okresami rozliczeniowymi. Istotne jest, iż w przypadku zaniżenia podstawy opodatkowania za dany rok podatkowy, powstają zaległości podatkowe, od których naliczane są odsetki za zwłokę. Na powstanie obowiązku uiszczenia odsetek za zwłokę nie ma wpływu fakt, iż podatnik w kolejnych latach wykazał dochód do opodatkowania w wyższej wysokości niż należna, co spowodowało powstanie nadpłaty podatku w kolejnym roku.