Podstawowy termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wynosi 60 dni od dnia złożenia deklaracji za dany okres rozliczeniowy. W wyjątkowych przypadkach termin zwrotu podatku VAT wydłuża się do 180 dni, jeżeli podatnik nie wykazuje w okresie rozliczeniowym sprzedaży opodatkowanej lub organ podatkowy może przedłużyć ww. terminy, jeżeli zasadności zwrotu wymaga dodatkowej weryfikacji.

Przepisy ustawy o VAT przewidują możliwość wnioskowania o tzw. przyspieszony zwrot VAT w terminie 25 dni od dnia złożenia deklaracji podatkowej. Dodatkowo w takiej sytuacji podatnik musi spełniać warunek, aby wszelkie faktury, z których wynika wykazany w deklaracji podatkowej podatek naliczony, były zapłacone. Istotne może być przy tym, iż podatek naliczony wynikający z otrzymanych faktur podlega odliczeniu w okresie rozliczeniowym, w którym podatnik otrzymał daną fakturę lub w dwóch kolejnych okresach rozliczeniowych. Tym samym politykę odliczania podatku naliczonego można skonstruować w taki sposób, aby w deklaracji za dany okres rozliczeniowy odliczać podatek naliczony z faktur, które do momentu jej złożenia zostaną zapłacone. Termin zwrotu podatku można również przyśpieszyć poprzez przyspieszenie terminu złożenia deklaracji za dany okres rozliczeniowy.

W przypadku generowania istotnych nadwyżek podatku naliczonego nad należnym można rozważyć również restrukturyzację form rozliczeń pomiędzy stronami transakcji, względnie przeniesienie części działalności do innego Państwa w celu obniżenia kwot podatku naliczonego lub zwiększenia podatku należnego. Należy przy tym pamiętać, iż aby rozwiązanie było efektywne ekonomicznie, koszty implementacji nowych rozwiązań nie powinny przekraczać oszczędności podatnika wynikających z poprawy płynności finansowej.