Na wstępie przypomnijmy, że w wyroku z dnia 24 maja 2011 r. (sygn. akt II FSK 33/10) NSA odstąpił od literalnej wykładni art. 16 ust. 1 pkt 6 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej updop) i wskazał, że pod pojęciem „likwidacji środka trwałego” nie należy rozumieć tylko jego faktycznej likwidacji. Powstałą wskutek likwidacji stratę w postaci niezamortyzowanej części środka trwałego można zaliczyć w ciężar kosztów także wówczas, gdy utraciły one przydatność gospodarczą z przyczyn innych niż zmiana rodzaju działalności.
Miesiąc później jednak inny skład orzekający NSA wydał zgoła odmienny wyrok w tym zakresie (sygn. akt II FSK 123/10).

W przedmiotowej sprawie spółka wystąpiła do Ministra Finansów z wnioskiem o wydanie interpretacji prawa podatkowego w zakresie wskazania, czy nieumorzona wartość zaliczonych do inwestycji w obcym środku trwałym nakładów stanowi jej podatkowe koszty uzyskania przychodu wskutek rozwiązania umowy najmu. Poczynione nakłady dotyczyły poniesionych wydatków w związku z dostosowaniem wynajmowanych pomieszczeń do potrzeb prowadzonej przez spółkę działalności gospodarczej.

Fiskus wskazał, że rozwiązanie umowy najmu przed pełnym zamortyzowaniem inwestycji w obcym środku trwałym nie jest tożsame z likwidacją środka trwałego i co za tym idzie, nie występuje z tego tytułu strata amortyzowanej inwestycji w obcym środku trwałym, a jedynie zwrot tego środka trwałego właścicielowi z mocy prawa. Kosztem podatkowym może natomiast być niezamortyzowana część inwestycji w obcym środku trwałym jedynie wówczas, gdy nastąpi jej fizyczna likwidacja.

Spółka niezgadzając się z tym stanowiskiem skierował skargę do WSA, który przyznał jej rację. Na powyższe fiskus złożył skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego, który to z kolei przychylił się do argumentacji organów podatkowych.

NSA wskazał na treść art. 16 ust. 1 pkt 5 updop, który to mówi, że straty w środkach trwałych oraz wartościach niematerialnych i prawnych są kosztami uzyskania przychodów w części niepokrytej sumą odpisów amortyzacyjnych. Zgodnie natomiast z wprowadzonym w art. 16 ust. 1 pkt 6 updop ograniczeniem, straty w nie w pełni umorzonych środkach trwałych nie stanowią kosztów uzyskania przychodów, jeżeli są następstwem likwidacji spowodowanej utratą przydatności gospodarczej danego środka, na skutek zmiany rodzaju działalności (czyli jeżeli środek trwały utracił przydatność gospodarczą z przyczyn innych, aniżeli wskazane w tym przepisie, poniesiona strata w związku z jego likwidacją stanowi podatkowy koszt uzyskania przychodów).

Sąd podkreślił przy tym, że tylko likwidacja środka trwałego w sytuacji wskazanej w przytoczonych przepisach powoduje powstanie straty. Likwidację należy tutaj natomiast rozumieć jako usuwanie, pozbywanie się czegoś, uwalnianie się od czegoś. Skoro dokonywanie odpisów amortyzacyjnych od środków trwałych „wykorzystywanych przez podatnika na potrzeby” oraz „prowadzoną przez niego działalność gospodarczą” wiąże się z bezpośrednim, a więc fizycznym ich wykorzystywaniem przez podatnika, to również likwidacja tego środka następuje poprzez fizyczne jego unicestwienie. Znaczenie użytego przez ustawodawcę w art. 16 ust. 1 pkt 6 u.p.d.o.p. słowa „strata” należy odczytywać wyłącznie literalnie. Co za tym idzie, wcześniejsze rozwiązanie umowy najmu nie oznacza likwidacji przedmiotu najmu, jako że nie utracił on swojej przydatności (nadal istnieje i nadaje się do wynajęcia), w związku z czym nie może tutaj być mowy o stracie.