Terminy zwrotu
W przypadku gdy kwota podatku naliczonego jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do zwrotu różnicy na rachunek bankowy. Zwrot ten zasadniczo dokonywany jest w terminie 60 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia. Termin ten może ulec skróceniu do 25 dni w przypadku spełnienia warunków, o których mowa w art. 87 ust. 6 ustawy o VAT. Jest tak gdy wszystkie faktury ujęte w deklaracji zostały opłacone i podatnik wraz z deklaracją złoży stosowny wniosek.

Termin zwrotu może wynieść także 180 dni. Dotyczy to tych podatników, którzy w danym okresie rozliczeniowym nie dokonali czynności opodatkowanych w kraju ani poza jego granicami. Przy czym ustawodawca przewidział jego skrócenie do 60 dni. Warunkiem jest jednak złożenie stosownego wniosku oraz zabezpieczenia majątkowego w wysokości odpowiadającej kwocie wnioskowanego zwrotu.

Jeżeli wniosek wraz z zabezpieczeniem zostanie złożony na 13 dni przed upływem 60-dniowego terminu lub później, zwrotu dokonuje się w terminie 14 dni od dnia złożenia tego zabezpieczenia. Formy zabezpieczenia określa art. 87 ust. 4a i 4b ustawy o VAT.

Sprawdzanie zasadności
Z uwagi na to, że podatnik sam wpisuje poszczególne wartości w deklaracji VAT za dany okres rozliczeniowy, organ podatkowy musi mieć możliwość ich weryfikacji. Mogą one bowiem zawierać błędy, które wpływają na wysokość żądanego przez podatnika zwrotu (patrz ramka). Podstawowym jednak kryterium decydującym o sprawdzeniu zwrotu jest jego wysokość. Możliwość weryfikacji zwrotu przewiduje art. 87 ust. 2 ustawy o VAT.

Sprawdzanie zasadności zwrotu odbywa się w ramach czynności sprawdzających, o których mowa w art. 274b § 1 Ordynacji podatkowej.

Organy podatkowe w ramach tych czynności mają szereg uprawnień. Mogą np. w razie wątpliwości co do poprawności złożonej deklaracji wezwać do udzielenia, w wyznaczonym terminie, niezbędnych wyjaśnień lub uzupełnienia deklaracji, wskazując przyczyny podania w wątpliwość rzetelności zawartych w niej danych. W ramach tych czynności mogą także sprawdzić czy faktury zostały w całości zapłacone. Potwierdził to NSA w wyroku z dnia 4 lutego 2011 r., sygn. akt I FSK 218/10.

Przedłużenie terminu zwrotu
Jeżeli przeprowadzenie czynności sprawdzających wymaga przedłużenia terminu zwrotu podatku wynikającego z przepisów, organ podatkowy może postanowić o przedłużeniu tego terminu do czasu zakończenia czynności sprawdzających. Na wydane w tej sprawie postanowienie służy zażalenie.

W istocie przesłanką przedłużenia terminu zwrotu jest czasochłonność bądź wynik czynności sprawdzających dokonywanych przez organ podatkowy. W praktyce najczęściej przedłużany jest skrócony termin zwrotu (25-dniowy, licząc od dnia złożenia rozliczenia). W tak krótkim czasie nie zawsze bowiem istnieje możliwość zweryfikowania zasadności zwrotu.

Przepisy nie określają wprost ram czasowych dla przeprowadzenia czynności sprawdzających. Trudno jest zatem określić, do jakiego czasu organ podatkowy może przedłużyć termin zwrotu podatku. Wprawdzie czas trwania postępowania jest każdorazowo uzależniony od konkretnego stanu faktycznego, organ powinien jednak kierować się zasadą szybkości działania. Niemniej przyjmuje się, że jest to termin, w którym organ podatkowy dokona wszelkich niezbędnych ustaleń w celu potwierdzenia zasadności zwrotu.