1. Zwrot bezpośredni w deklaracji
Wykazanie w deklaracji VAT kwot podatku należnego od dokonanych w danym okresie rozliczeniowym czynności opodatkowanych i podatku naliczonego od zakupów, uprawniających do odliczenia podatku naliczonego, skutkuje powstaniem nadwyżki podatku należnego nad naliczonym (jako zobowiązanie podatkowe podlegające wpłacie na rachunek urzędu skarbowego), bądź też nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. W tym drugim przypadku to podatnik decyduje o tym, w jaki sposób nadwyżka ta zostanie rozliczona. Zgodnie z art. 87 ust. 1 ustawy o VAT, podatnik u którego w danym okresie rozliczeniowym wystąpiła nadwyżka podatku naliczonego nad należnym, określa w deklaracji, czy kwotę tej nadwyżki wykaże jako kwotę do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, czy też zażąda zwrotu tej kwoty z urzędu skarbowego na wskazany rachunek bankowy.

2. Podstawowy termin zwrotu
Zasadniczy termin zwrotu wynikający z ustawy o VAT, to 60 dni od dnia złożenia rozliczenia. Nie jest przy tym istotne, jakiego rodzaju zakupów dokonuje podatnik, czy też jaką stawką opodatkowane są nabywane towary czy usługi. W każdym przypadku zasadniczy termin zwrotu (poza sytuacją, gdy podatnik nie wykonał czynności opodatkowanych w danym okresie) wynosi 60 dni od dnia złożenia rozliczenia. Termin ten dotyczy również tych podatników, którzy dokonują dostawy towarów lub świadczą usługi poza terytorium kraju i nie dokonują sprzedaży opodatkowanej. W tym jednak przypadku warunkiem otrzymania zwrotu w terminie 60 dni jest złożenie umotywowanego wniosku.

Przykład
W listopadzie 2011 r. podatnik dokonywał sprzedaży według stawki 0%, 8% i 23%. Wykonał również czynności zwolnione z VAT. W tym samym miesiącu podatnik zakupił maszyny (środki trwałe), służące wyłącznie działalności opodatkowanej podatkiem VAT. W przypadku wystąpienia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, podatnik może w deklaracji za listopad otrzymać zwrot bezpośredni (na rachunek bankowy) tej nadwyżki w podstawowym - czyli 60-dniowym terminie, liczonym od dnia złożenia deklaracji.

3. Skrócony termin zwrotu
Przy zachowaniu warunków określonych w art. 87 ust. 6 ustawy o VAT podatnik może ubiegać się o zwrot w terminie przyspieszonym - w ciągu 25 dni od dnia złożenia deklaracji. Zwrot w tak krótkim terminie możliwy jest pod warunkiem, że kwoty podatku naliczonego, wykazane w deklaracji podatkowej, wynikają z:

1. faktur dokumentujących należności, które zostały w całości zapłacone, z uwzględnieniem art. 22 ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (Dz. U. z 2010 r. nr 220, poz. 1447 ze zm.),
2. dokumentów celnych, deklaracji importowej oraz decyzji, o których mowa w art. 33 ust. 2 i 3 oraz art. 34, i zostały przez podatnika zapłacone,
3. importu towarów rozliczanego zgodnie z art. 33a, wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, świadczenia usług, dla których podatnikiem jest ich usługobiorca, lub dostaw towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, jeżeli w deklaracji podatkowej została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji.

Podatnik może zatem ubiegać się o zwrot podatku w terminie przyspieszonym (25 dni od dnia złożenia deklaracji), jeżeli dokonał zapłaty wszystkich faktur dokumentujących zakupy, wykazane w deklaracji oraz zapłacił podatki wynikające z ujętych w niej dokumentów celnych. Zwrot w terminie 25 dni jest dokonywany na wniosek podatnika.

Spełnienie warunku uprawniającego do zwrotu w krótszym terminie w wielu przypadkach zależeć może od działań podatnika. Ustawodawca w przepisie art. 86 ustawy o VAT umożliwił podatnikom VAT dokonanie odliczenia podatku naliczonego od zakupu towarów i usług w jednym z trzech okresów rozliczeniowych. Zasadniczo odlicza się VAT w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę. Jednak jeżeli w rozliczeniu tym podatek nie został uwzględniony, odliczenie może nastąpić w jednym z dwóch następnych okresów rozliczeniowych. Jeżeli więc kilka faktur nie zostało opłaconych w danym okresie, to warto uwzględnić je w rozliczeniu za okres następny po to, aby móc w danym okresie rozliczeniowym skorzystać z możliwości otrzymania zwrotu w terminie przyspieszonym. Co prawda zmniejszy się wówczas nadwyżka podatku naliczonego nad należnym, ale może się to opłacać właśnie ze względu na skrócenie terminu zwrotu.