Znikające i odrzucone faktury w KSeF - bałagan po pierwszym miesiącu działania

Przeczytaj także: KSeF 2026: czy system jest gotowy? 13 kluczowych wątpliwości przedsiębiorców

Krajowy System e‑Faktur (KSeF) działa już ponad miesiąc. Po awariach Profilu Zaufanego oraz początkowych trudnościach związanych z wdrożeniem i adaptacją do nowych procesów część firm zwraca uwagę na problemy z widocznością e‑faktur w KSeF i przyjmowaniem ich przez odbiorców. Księgowi częściej niż zakładano weryfikują obieg faktur ręcznie, aby upewnić się, że dokumenty są dostępne po stronie odbiorcy.

Pierwsze doświadczenia przedsiębiorców pokazują, że obsługa e‑faktur w KSeF wiąże się z większą liczbą komunikatów i dokumentów operacyjnych niż w dotychczasowych rozwiązaniach. Przy braku powiadomień i narzędzi ułatwiających automatyczne pobieranie danych, firmy wdrażają dodatkowe procedury kontrolne.

Faktura niewidoczna u odbiorcy

– Przedsiębiorcy wskazują, że część faktur jest odrzucana przez KSeF mimo prawidłowego wysłania, a na tym etapie Ministerstwo Finansów nie przedstawia jednoznacznych przyczyn takich odrzuceń – mówi Joanna Łuksza, kierownik Zespołu Ekspertów Księgowych w IFIRMA.PL.

Zgłaszane są również przypadki, w których faktura otrzymuje numer KSeF i status „przyjęta”, natomiast odbiorca nie widzi jej w swoim systemie księgowym ani w panelu KSeF. Dla przedsiębiorców jest to istotne, ponieważ utrudnia potwierdzenie, że dokument jest dostępny po stronie kontrahenta – nawet jeśli wystawca dysponuje Urzędowym Potwierdzeniem Odbioru potwierdzającym prawidłowe złożenie faktury w KSeF.

– Faktury nie trafiają więc do KSeF w prawidłowy sposób, a jeśli zostaną zapisane w systemie, to zdarza się, że pojawiają się w nieodpowiednim module. W efekcie kontrahent nie otrzymuje niezbędnych dokumentów i nie może odliczyć VAT. Wobec tych problemów część przedsiębiorstw, zwłaszcza przy dużej skali fakturowania, musi częściej monitorować statusy dokumentów i porównywać dane pomiędzy systemami firmowymi a KSeF – komentuje Joanna Łuksza.

Stanowisko MF i rekomendowane działania

Ministerstwo Finansów wskazuje, że faktury, które otrzymały numer KSeF, są zapisane w systemie i nie są z niego usuwane. Jednocześnie jako potencjalne źródła trudności wymienia m.in. kwestie integracyjne oraz zgodność z wymaganiami formatów XML.

Jako rozwiązanie doraźne rekomendowana jest ponowna wysyłka faktur, co w wielu przypadkach ma skutkować ich widocznością po stronie odbiorcy. Przy większej skali odrzuceń MF rekomenduje też wdrożenie narzędzi wspierających kontrolę poprawności plików XML w systemach fakturujących. Równolegle prowadzone mają być prace nad dokładnym zdiagnozowaniem przyczyny i wprowadzeniem usprawnień.

– W obecnej sytuacji przedsiębiorcy powinni wzmocnić kontrolę obiegu e-faktur: na bieżąco monitorować statusy w KSeF, archiwizować UPO oraz szybko reagować na odrzucenia, ponawiając wysyłkę dokumentu. Dobrym krokiem jest też uzgodnienie z kontrahentami prostej procedury potwierdzania, czy faktura jest widoczna po ich stronie. Do czasu pełnego ustabilizowania działania systemu kluczowe jest dokumentowanie każdego kroku i szybkie wyjaśnianie rozbieżności, aby nie blokować rozliczeń i prawa do odliczenia VAT – ekspertka IFIRMA.PL.