A czy możemy to wszystko uporządkować?

Ja jestem vatowcem, prowadzę KPiR. Prowadzę komis z telefonami. Na początku
roku musiałam zarejestrować w US (nie pamiętam jak to się nazywało) "rejestr
czynności cywilnoprawnych"(?)
Dostaję taki telefon do komisu, wypisuję umowę VAT-KOMIS i czekam aż
sprzedam.
Sprzedaję i płacę podatek VAT od różnicy między tym co chciała osoba
oddająca do komisu (nigdy nie rozróżniam komisanta od komitenta więc
wybaczcie) a tym za ile sprzedałam. Jeśli wartość sprzedaży (brutto) jest
wyższa od 1.000,00 to płacę jeszcze podatek od czynności cywilnoprawnych. Bo
pytałam w US, że umów nie sumuje się misięcznie a w/w podatek płacimy od
kwoty przekraczającej tysiąc złotych.
Reasumując płacę 2 razy podatek?
Moje pytanie brzmi jak wygląda sprawa z tym opodatkowaniem Vatowców?
Jak wygląda procedura jeśli chodzi o te umowy i faktury.
Dla mnie jest to strasznie skomplikowane.

Pozdrawiam
MonikaM