Od 01 stycznia 2007 roku obowiązuje część przepisów wprowadzonych ustawą z dnia 16 listopada 2006 r. o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz.U. nr 217, poz. 1590). Nowe przepisy w zakresie kontroli podatkowej zmieniają uprawnienia kontrolujących oraz modyfikują informacje, jakie muszą być zawarte w protokole z kontroli podatkowej.

Zacznijmy od art. 284a. Wprowadzony w nim został nowy § 1a. Jego brzmienie jest następujące: „W razie nieobecności kontrolowanego lub osoby, o której mowa w art. 281a, albo osoby wymienionej w art. 284 § 2, kontrola podatkowa może być wszczęta po okazaniu legitymacji służbowej pracownikowi kontrolowanego lub innej osobie wykonującej czynności na rzecz kontrolowanego w miejscu wszczęcia kontroli.”

Powyższe oznacza, iż organom podatkowym zostały zwiększone kompetencje w zakresie wszczęcia czynności kontrolnych po okazaniu legitymacji. Do końca 2006 roku legitymacja musiała bowiem zostać okazana kontrolowanemu, a w sytuacji gdy kontrolowanym jest osoba prawna lub jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej – członkowi zarządu, wspólnikowi bądź innej osobie upoważnionej do reprezentowania kontrolowanego lub osobie fizycznej, która została wskazana przez kontrolowanego do reprezentowania podczas czynności kontrolnych (osoba taka musi być zgłoszona kierującemu danym organem kontrolnym, czyli przeważnie naczelnikowi właściwego urzędu skarbowego).

Zatem nowy przepis umożliwia wszczęcie czynności kontrolnych (oczywiście tylko w uzasadnionych przypadkach) bez powiadamiania o tym właściciela firmy a jedynie okazując legitymację np. pracownikowi. Zmiana taka jest bardzo korzystna dla organów podatkowych, które nie muszą przed rozpoczęciem kontroli teraz lokalizować właściciela firmy lub jego pełnomocnika. Upoważnienie do kontroli muszą doręczyć bez zbędnej zwłoki jednak nie później niż w terminie 3 dni od wszczęcia czynności kontrolnych (o czym mówi zmieniony § 2 art. 284a). Dla przedsiębiorców nowelizacja oznacza jednak, iż nie zawsze będą oni obecni przy rozpoczęciu kontroli, a co za tym idzie nie będą mogli na bieżąco udzielać wyjaśnień i odpowiedzi na wątpliwości kontrolujących.

W tym miejscu należy także wspomnieć iż pełnomocnictwa, o którym mowa wcześniej, podatnik nie może udzielić osobie prawnej lub innej jednostce organizacyjnej a jedynie osobie fizycznej.