Art. 99 ustawy o VAT mówi, że podatnicy są obowiązani składać w urzędzie skarbowym deklaracje podatkowe za okresy miesięczne w terminie do 25-tego dnia miesiąca następującego po każdym kolejnym miesiącu, zaś ci, którzy wybrali rozliczanie tego podatku za okresy kwartalne – w terminie do 25-tego dnia miesiąca następującego po każdym kolejnym kwartale.

To podstawowy obowiązek dotyczący czynnych podatników VAT. Został on jednak wyłączony w stosunku do tych, którzy zawiesili prowadzenie działalności. Art. 99 ust. 7a ustawy o VAT mówi bowiem, że w przypadku zawieszenia wykonywania działalności gospodarczej na podstawie przepisów o swobodzie działalności gospodarczej podatnicy nie mają obowiązku składania deklaracji, o których mowa wyżej, za okresy rozliczeniowe, których zawieszenie to dotyczy.

Zwolnienie z obowiązku składania deklaracji nie ma jednak zastosowania do (art. 99 ust. 7b ustawy o VAT):

1. podatników dokonujących wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów;
2. podatników dokonujących importu usług lub nabywających towary - w zakresie których są podatnikiem;
3. okresów rozliczeniowych, w których zawieszenie wykonywania działalności gospodarczej nie dotyczyło pełnego okresu rozliczeniowego;
4. okresów rozliczeniowych, za które podatnik jest obowiązany do rozliczenia podatku z tytułu wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu oraz za które jest obowiązany dokonać korekty podatku naliczonego.

Warto tutaj wspomnieć, że przed 01 kwietnia 2011 r. w przytoczonym wyżej katalogu wyłączeń ze zwolnienia z obowiązku składania deklaracji za czas zawieszenia wykonywania działalności gospodarczej znajdowali się jeszcze podatnicy zarejestrowani jako podatnicy VAT UE. Obecnie jednak już tego wyłączenia nie ma, a co za tym idzie, także podatnicy zarejestrowani dla czynności wewnątrzwspólnotowych, jeżeli zawiesili prowadzenie firmy, nie muszą składać za ten okres deklaracji VAT (oczywiście o ile nie wykonywali w danym okresie żadnych czynności, o których mowa wyżej).

Pewne wątpliwości może tutaj jednak budzić art. 97 ust. 15 ustawy o VAT. Przypomnijmy bowiem, że zgodnie z art. 97 ust. 1-3 co do zasady podatnicy wykonujący czynności wewnątrzwspólnotowe, tj. dokonujący dostawy i nabycia wewnętrzwspólnotowe, świadczący usługi, czy też będący nabywcami usług, z tytułu których jest wykazywany import usług, z kontrahentami unijnymi, są obowiązani zarejestrować się na w podatku VAT na potrzeby tych transakcji.

Art. 97 ust. 15 ustawy o VAT mówi natomiast, że jeżeli podatnik zarejestrowany na potrzeby transakcji unijnych nie złoży za 6 kolejnych miesięcy lub 2 kolejne kwartały deklaracji podatkowej, naczelnik urzędu skarbowego wykreśla go z urzędu jako podatnika VAT UE. Działalność gospodarczą można natomiast zawiesić nawet na 24 miesiące i zgodnie z art. 99 ust. 7a za cały ten czas nie trzeba (ze wskazanymi wyżej wyjątkami) składać deklaracji na potrzeby tego podatku. Powstaje zatem wątpliwość jak traktować art. 97 ust. 15 ustawy w przypadku zawieszenia działalności?

Wątpliwości te wyjaśniło Ministerstwo Finansów. W komunikacie zawartym na swojej stronie internetowej wskazało, że art. 97 ust. 15 ustawy o VAT nie ma zastosowania do podatników VAT UE, którzy dokonali zawieszenia działalności gospodarczej w trybie przepisów ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Przepis ten dotyczy bowiem jedynie takich przypadków, w których podatnik zarejestrowany jako podatnik VAT UE nie zawiesił prowadzenia firmy. Jeżeli natomiast zawiesił wykonywanie działalności zgodnie z przepisami przytoczonej wyżej ustawy, nie jest w ogóle objęty zakresem art. 97 ust. 15 ustawy o VAT.